Η κληρωτίδα της UEFA χαμογελούσε στις ελληνικές ομάδες μέχρι να ξεκινήσει η διαδικασία του 4ου γκρουπ. Ο Παναθηναϊκός κληρώθηκε στον 5ο όμιλο με την Αϊντχόφεν, την Εστορίλ και την Ντινάμο Μόσχας.
Ο ΠΑΟΚ είναι στον 11ο όμιλο με την Φιορεντίνα, την Γκινγκάμπ και την Ντινάμο Μινσκ ενώ ο Αστέρας Τρίπολης θα αντιμετωπίσει την Τότεναμ, την Μπεσίκτας και την Παρτίζαν.
Ο Απόλλων Λεμεσσού έπεσε σε δύσκολο όμιλο αφού θα κληθεί να κοντραριστεί με την Βιγιαρεάλ, την Γκλάντμπαχ και την Ζυρίχη.
| Α GROUP | Β GROUP | C GROUP | D GROUP |
| Βιγιαρέαλ | Κοπεγχάγη | Τότεναμ | Σάλτσμπουργκ |
| Γκλάντμπαχ | Μπριζ | Μπεσίκτας | Σέλτικ |
| Ζυρίχη | Τορίνο | Παρτίζαν | Ντινάμο Ζάγκρεμπ |
| Απόλλων Λεμεσσού | Ελσίνκι | Αστέρας Τρίπολης | Άστρα |
| Ε GROUP | F GROUP | G GROUP | Η GROUP |
| Αϊντχόφεν | Ίντερ | Σεβίλλη | Λιλ |
| Παναθηναϊκός | Ντνίπρο | Σταντάρ Λιέγης | Βόλφσμπουργκ |
| Εστορίλ | Σεντ Ετιέν | Φέγιενορντ | Έβερτον |
| Ντινάμο Μόσχας | Κάραμπαγκ | Σεβίλλη | Κράσνονταρ |
| I GROUP | J GROUP | K GROUP | L GROUP |
| Νάπολι | Ντιναμό Κιέβου | Φιορεντίνα | Μέταλιστ |
| Σπάρτα Πράγας | Στεάουα Βουκουρεστίου | ΠΑΟΚ | Τραμπζονσπόρ |
| Γιουνγκ Μπόις | Ρίο Άβε | Γκινγκάμπ | Λέγκια |
| Σλόβαν Μπρατισλάβας | Άαλμποργκ | Ντινάμο Μινσκ | Λόκερεν |
Το προφίλ των αντιπάλων του ΠΑΟΚ
Το προφίλ των αντιπάλων του Παναθηναϊκού