Ο τρόπος εκλογής του προέδρου ήταν η μυστική ψηφοφορία και όχι η ανάδειξη διά βοής, καθώς αυτή η δυνατότητα προβλέπεται από τους κανονισμούς, όταν υπάρχει μόνο ένας υποψήφιος. Σε σύνολο 203 ψήφων, ο Σεπ Μπλάτερ συγκέντρωσε τις 186.
Ο ισχυρός άνδρας του παγκόσμιου ποδοσφαίρου εξελέγη για πρώτη φορά στην προεδρία το 1998, όταν επικράτησε με ψήφους 111-80 του Σουηδού προέδρου της UEFA, Λέναρτ Γιόχανσον, ο οποίος αποδέχθηκε την ήττα του, με αποτέλεσμα να μη διεξαχθεί δεύτερη ψηφοφορία.
Το 2002 πήρε συντριπτική νίκη έναντι του Καμερουνέζου προέδρου της αφρικανικής ποδοσφαιρικής συνομοσπονδίας, Ισα Χαγιάτου, με ψήφους 139-56, ενώ το 2007 επανεξελέγη στην προεδρία της FIFA, αφού ήταν ο μοναδικός υποψήφιος.
Στην ομιλία του, που προηγήθηκε της ψηφοφορίας, ο Μπλάτερ υποσχέθηκε μεγάλες δομικές αλλαγές στη λειτουργία του οργανισμού αλλά και τον τρόπο ανάθεσης των επόμενων Παγκοσμίων Κυπέλλων, με τη συμμετοχή και των 208 εθνικών ομοσπονδιών αντί της 24μελούς επιτροπής που αποφάσιζε μέχρι σήμερα.
“Το καράβι της FIFA πλέει σε επικίνδυνα νερά και οφείλουμε να επαναφέρουμε στη σωστή πορεία», είπε ο Μπλάτερ, τονίζοντας: «Εγώ είμαι ο καπετάνιος του πλοίου! Επομένως αυτό είναι καθήκον και υποχρέωσή μου. Θα υπάρξουν μεταρρυθμίσεις μέσα από ριζοσπαστικές αποφάσεις.
Όλοι κάναμε λάθη και μάθαμε από αυτά”, τόνισε ο Μπλάτερ.