Η πλειοψηφία τάχθηκε υπέρ της επανάληψης της δίκης, καθώς έχουν αποκαλυφθεί νέα άγνωστα γεγονότα, σύμφωνα με τα οποία οι έξι ήταν αθώοι. Την αίτηση επανάληψης της δίκης υπέβαλε ο Μιχάλης Πρωτοπαπαδάκης, εγγονός του Πέτρου Πρωτοπαπαδάκη.
Το 1922 μετά την Μικρασιατική Καταστροφή εκδηλώθηκε στρατιωτικό κίνημα υπό τους συνταγματάρχες Πλαστήρα και Γονατά και τον αντιπλοίαρχο Φωκά. Μία διαδήλωση 100.000 ανθρώπων στην Πλατεία Συντάγματος στις 9 Οκτωβρίου ζητά την εκτέλεση υπευθύνων της τραγωδίας. Στο πόρισμα της ανακριτικής επιτροπής που είχε συσταθεί, παραπέμφθηκαν να δικαστούν με την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας οι: Γούναρης, Πρωτοπαπαδάκης, Στράτος, Θεοτόκης, Μπαλτατζής, Χατζηανέστης, Στρατηγός και Γούδας.
Στη δίκη που διεξήχθη στο διάστημα μεταξύ 31 Οκτωβρίου και 15 Νοεμβρίου 1922 στην Παλαιά Βουλή, το Στρατοδικείο επέβαλλε την ποινή του θανάτου στους πρώτους έξι και ισόβια δεσμά στους Στρατηγό και Γούδα. Δύο φορτηγά μετέφεραν τους θανατοποινίτες στον Γουδή, όπου και εκτελέστηκαν.