Μετά το θάνατό του, ο δήμος Ηρακλείου εξέδωσε την ακόλουθη ανακοίνωση: “Με μεγάλη θλίψη πληροφορηθήκαμε το θάνατο του Γιάννη Σακελλαράκη, ενός εξαίρετου επιστήμονα και συγγραφέα. Το έργο του συνδέεται στενά με την Κρήτη και με τις ανασκαφές του ανέδειξε σημαντικά ευρήματα που πλούτισαν τη γνώση μας για το Μινωικό Πολιτισμό.
Αγάπησε την Κρήτη και οι δεσμοί του με τους Κρητικούς ήταν πολλοί. Ως διευθυντής του Αρχαιολογικού Μουσείου συνέχισε τη λαμπρή παράδοση των προκατόχων του και δημοσίευσε πολλές μελέτες για επιμέρους αρχαιολογικά θέματα. Η μνήμη του θα παραμείνει πάντοτε ζωντανή σε όλους μας. Εύχομαι θερμά συλλυπητήρια στην οικογένειά του”.
Ο δήμαρχος Ανωγείων, Σωκράτης Κεφαλογιάννης ,έκανε την ακόλουθη δήλωση: “Με μεγάλη θλίψη πληροφορηθήκαμε τον θάνατο του “συγχωριανού” μας αρχαιολόγου, Γιάννη Σακελλαράκη, ενός εξαίρετου επιστήμονα και συγγραφέα. Τα Ανώγεια πενθούν για τον επίτιμο δημότη τους, για τον αρχαιολόγο που γαλούχησε γενιές Ανωγειανών με το μεγάλο του όνειρο: να γίνει ο Ψηλορείτης, το Ιδαίο Άντρο και η Ζώμινθος ένας αρχαιολογικός δρυμός, αντάξιος του φυσικού και πολιτισμικού πλούτου του βουνού.
Ο Γιάννης Σακελλαράκης αφιέρωσε τις δύο τελευταίες δεκαετίες της ζωής του στον Ψηλορείτη και βάλθηκε να φέρει στο φως τους κρυμμένους θησαυρούς του μυθικού βουνού. Με πείσμα και γενναιότητα κάθε άνοιξη έσκυβε πάνω από τα χώματα του Ψηλορείτη και γινόταν ένα με το παρελθόν, συγχρωτιζόταν με τους Ανωγειανούς στα καφενεία, ανακοίνωνε το φθινόπωρο στις πλατείες τα ευρήματα της ανασκαφής και μπόλιαζε τις σκέψεις μας με σεβασμό και δέος για το ιερό βουνό.