Σύμφωνα με την απόφαση των υπουργών Οικονομικών και Μεταφορών Ευκλείδη Τσακαλώτου και Χρήστου Σπίρτζη, στην Εγνατία οδό θα υπάρχουν συνολικά 38 σταθμοί διοδίων, 18 μετωπικοί και 20 πλευρικοί.
Σήμερα, λειτουργούν 8 σταθμοί διοδίων και συγκεκριμένα στην Τύρια (Θεσπρωτία), στο Μαλακάσι (Μέτσοβο), στον Πολύμυλο (Κοζάνη), στα Μάλγαρα Θεσσαλονίκης, στην Ανάληψη, στη Μουσθένη (Καβάλα), στον Ίασμο Κομοτηνής και στον Προμαχώνα Σερρών.
Η δημιουργία τους έχει προκαλέσει τεράστιες αντιδράσεις όλων των Οργανισμών Τοπικής Αυτοδιοίκησης, καθώς μεταξύ άλλων επιφέρει υπερβολικά μεγάλη επιβάρυνση στους οδηγούς των οχημάτων και αυξάνει σε μεγάλο βαθμό το κόστος μεταφοράς των αγαθών, προϊόντων.
Οι προσφεύγοντες στο ΣτΕ υποστηρίζουν ότι η επιβολή των πολλαπλών διοδίων για τις μετακινήσεις τους εντός και εκτός των περιφερειών τους, προκαλεί ανεπανόρθωτη οικονομική βλάβη και ζητούν από τους συμβούλους Επικρατείας να ανασταλεί άμεσα η επίμαχη υπουργική απόφαση για τους νέους σταθμούς αλλά και να ακυρωθεί στην συνέχεια με απόφαση του ίδιου δικαστηρίου.