Ο Ντινκ δολοφονήθηκε το 2007 και σύμφωνα με το Δικαστήριο, αν και οι τουρκικές αρχές γνώριζαν ότι οι υπερεθνικιστές συνωμοτούσαν για το θάνατό του, δεν έκαναν τίποτα για να αποτρέψουν τη δολοφονία του.
Ο Τουρκοαρμένιος δημοσιογράφος πέθανε από τους πυροβολισμούς που δέχθηκε από έναν νεαρό εθνικιστή έξω από το γραφείο του τον Ιανουάριο του 2007, αφού είχε δεχθεί απειλές για τη ζωή του από ακροδεξιές οργανώσεις.
Βρέθηκε στο στόχαστρο των υπερεθνικιστών μετά τις εκκλήσεις που απηύθυνε στην Άγκυρα για να αποδεχθεί το ρόλο που διαδραμάτισε η Τουρκία στις μαζικές σφαγές Αρμενίων το 1915. Το δικαστήριο του Στρασβούργου, στο οποίο είχαν προσφύγει συγγενείς του δημοσιογράφου, απεφάνθη ότι οι τουρκικές αρχές δεν προστάτευσαν τη ζωή του δημοσιογράφου, καθώς δεν ερεύνησαν σοβαρά τις απειλές που είχε δεχθεί, και διέταξε την Άγκυρα να καταβάλει αποζημίωση 100.000 ευρώ στη σύζυγο του δημοσιογράφου και τα παιδιά του.
Ο Ντινκ, ο οποίος ήταν διευθυντής της τουρκοαρμενικής εφημερίδας Agos είχε καταδικαστεί πριν από το θάνατό του σε ποινή φυλάκισης με αναστολή βάσει του άρθρου 301 του τουρκικού ποινικού κώδικα για προσβολή της τουρκικής ταυτότητας στα άρθρα του στα οποία αναφερόταν στις μαζικές σφαγές των Αρμενίων το 1915.
Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο έκρινε επίσης ότι η καταδίκη αυτή του Ντινκ συνιστούσε παραβίαση της ελευθερίας της έκφρασής του και ότι τον κατέστησε στόχο των ακραίων εθνικιστών. Ο κύριος ύποπτος στη δολοφονία του Ντινκ αντιμετωπίζει δίκη στην Τουρκία μαζί με 18 άλλους υπόπτους ως συνεργούς του.
Άλλοι 29 άνθρωποι, συμπεριλαμβανομένων πρώην αξιωματικών του στρατού, έχουν συλληφθεί στο πλαίσιο έρευνας για μια ακροδεξιά συμμορία, η οποία πιστεύεται ότι βρίσκεται πίσω από μια σειρά δολοφονιών, συμπεριλαμβανομένης αυτής του Ντινκ.