Η Χαμπιαριμάνα διαμένει εδώ και 12 χρόνια στο νότιο Παρίσι, όπου και συνελήφθη, ύστερα από αίτημα της κυβέρνησης της Ρουάντα, που ζητά την έκδοσή της προκειμένου να δικαστεί για το ρόλο που φέρεται να έπαιξε στη γενοκτονία. Η σύλληψή της έρχεται πέντε μέρες μετά την επίσκεψη του Γάλλου προέδρου, Νικολά Σαρκοζί στη Ρουάντα και τη συνάντησή του με τον ομόλογό του Πολ Καγκάμε.
Η Αγκάτ συνελήφθη λίγο στο σπίτι της στο Κουρκουρόν, βάσει διεθνούς εντάλματος σύλληψης που έχουν εκδώσει εναντίον της οι αρχές της Ρουάντα με την κατηγορία της γενοκτονίας. Το Κιγκάλι κατηγορεί την Χαμπιαριμάνα, η οποία συχνά παρουσιάζεται ως μέλος των «ακαζού», που ήταν ο στενός κύκλος της εξουσίας των Χούτου, ότι μετείχε στον σχεδιασμό και την οργάνωση της γενοκτονίας. Η ίδια αρνείται την κατηγορία.
Η επίθεση κατά του αεροπλάνου στο οποίο επέβαινε ο σύζυγός της στις 6 Απριλίου του 1994 θεωρείται πως έδωσε το έναυσμα για τη γενοκτονία από την οποία έχασαν τη ζωή τους 800.000 άνθρωποι, κυρίως μέλη της φυλής Τούτσι, σύμφωνα με τον ΟΗΕ.
Η πλευρά της Χαμπιαριμάνα συνέδεσε τη σύλληψή με την επίσκεψη Σαρκοζί στο Κιγκάλι. «Δε μπορούμε να μην κάνουμε τον συσχετισμό. Το αίτημα έκδοσης στο Κιγκάλι εκδόθηκε το Νοέμβριο και στην πραγματικότητα τέθηκε σε εφαρμογή μετά την επιστροφή του Σαρκοζί από τη Ρουάντα», δήλωσε ο συνήγορός της Φιλίπ Μεϊλχάκ.
Η Χαμπιαριμάνα προσέφυγε στην πρεσβεία της Γαλλίας όταν άρχισαν οι σφαγές και μεταφέρθηκε στο Παρίσι από γάλλους στρατιωτικούς κατά την επιχείρηση «Αμαρυλλίς» (8-14 Απριλίου του 1994). Μετά την παραμονή της στην Γκαμπόν, στο Ζαΐρ και την Κένυα, εγκαταστάθηκε το 1998 στη Γαλλία. Τον Οκτώβριο του 2009 το γαλλικό Συμβούλιο Επικρατείας αρνήθηκε το αίτημά της για τη χορήγηση ασύλου, το οποίο είχε υποβάλλει πέντε χρόνια νωρίτερα, καθώς είχε «σοβαρούς λόγους να πιστεύει ότι μπορεί να εμπλέκεται ως υποκινήτρια ή συνεργός στο έγκλημα της γενοκτονίας».
Στο πλαίσιο της διαδικασίας έκδοσής της, η Χαμπιαριμάνα θα πρέπει να παρουσιαστεί εντός 24 ωρών στην εισαγγελία του Εβρί (προάστιο του Παρισιού) και στη συνέχεια στη γενική εισαγγελία μέσα σε 7 ημέρες. Το εφετείο του Παρισιού θα αποφανθεί στη συνέχεια σχετικά με το αίτημα έκδοσης στο Κίγκαλι.