Αυτό έκρινε το Β΄ τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας καταλήγοντας πως η αντίθετη πρόβλεψη του νόμου 1642/1986 προσκρούει στην ευρωπαϊκή και ελληνική νομοθεσία. Σύμφωνα με την απόφαση του Ανώτατου Ακυρωτικού Δικαστηρίου της χώρας το δικαίωμα προς έκπτωση αποτελεί αναπόσπαστο τμήμα του μηχανισμού ΦΠΑ και δεν μπορεί, κατ αρχήν, να περιοριστεί. Σκοπός του συστήματος των εκπτώσεων είναι η πλήρης απαλλαγή του επιχειρηματία από το βάρος του οφειλομένου ή καταβληθέντος ΦΠΑ στο πλαίσιο όλων των οικονομικών δραστηριοτήτων του.
Το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο το απασχόλησε περίπτωση γνωστής Ελληνικής ναυτιλιακής εταιρείας, στην οποία η αρμόδια Δ.Ο.Υ. δεν δέχθηκε το ποσό που είχε εκπέσει του ΦΠΑ που αντιστοιχούσε στο κόστος τροφοδοσίας των πληρωμάτων των πλοίων που έχει και εκτελούν εσωτερικούς πλόες.
Η υπόθεση έφτασε στο ΣτΕ, ύστερα από έφεση που άσκησε το Δημόσιο σε απόφαση του Διοικητικού Εφετείου Χανίων. Συγκεκριμένα το διοικητικό δικαστήριο δέχθηκε ότι η σχετική διάταξη του άρθρου 23 του νόμου 1642/1986 δεν θα πρέπει να έχει εφαρμογή όταν «οι ανάγκες της επιχείρησης, λαμβανομένων υπόψη ορισμένων ειδικών περιστάσεων, όπως η αδυναμία ή δυσκολία προμήθειας τροφής από τους εργαζομένους στο συγκεκριμένο τόπο εργασίας, η εξασφάλιση της υγιεινής και ασφάλειας αυτών, επιβάλλουν και μάλιστα με βάση διατάξεις νόμων ή συλλογικής σύμβασης εργασίας, στον εργοδότη την υποχρέωση αυτή, οπότε η σχετική παροχή, υπό τις προϋποθέσεις αυτές, πραγματοποιείται για σκοπό που έχει άμεση σχέση με τη λειτουργία της επιχείρησης».
Κατά ακολουθία το ΣτΕ, έκρινε η υποχρέωση παροχής τροφής σε πληρώματα πλοίων που πραγματοποιούν εσωτερικούς πλόες, «η οποία γίνεται σε εκτέλεση υποχρεώσεως που προκύπτει από τις διατάξεις των άρθρων 101-103 του Κώδικα Δημοσίου Ναυτικού Δικαίου και του άρθρου 5 παρ.1 της 68/1946 Διεθνούς Συμβάσεως Εργασίας, που κυρώθηκε με τον ν.1163/1981 και περαιτέρω έχει σχέση με την υγιεινή και ασφάλεια των εργαζομένων αυτών, που λόγω της φύσεως της εργασίας τους παραμένουν συνεχώς εντός των πλοίων, θεωρείται λειτουργική για τη ναυτιλιακή επιχείρηση και δεν εντάσσεται στην εξαίρεση του άρθρου 23 παρ. 4 περ. δ΄ του ν.1642/1986».
Με αυτό το σκεπτικό το ΣτΕ κατέληξε ότι η διάταξη εκείνη του άρθρου 23 του νόμου 1642/1986, σύμφωνα με την οποία αποκλείεται η δυνατότητα έκπτωσης του Φ.Π.Α. που βαρύνει το κόστος τροφής των εργαζομένων, σε εκπλήρωση νόμιμης υποχρέωσης της επιχείρησης, αντίκειται στις διατάξεις του άρθρου 17 παρ. 2 της έκτης οδηγίας 77/388/ΕΟΚ του Συμβουλίου της 17ης Μαΐου 1997 και δεν μπορεί να εφαρμοσθεί.