Στις αρχές του 2011 και ύστερα από την έρευνα της Κοινοβουλευτικής Επιτροπής που συντάχθηκε για να διερευνήσει την υπόθεση Siemens, βγήκαν στη δημοσιότητα διάφορα στοιχεία περί συμμετοχής πολιτικών προσώπων, μεταξύ αυτών και του Άκη Τσοχατζόπουλου. Το πόρισμα ανέφερε ότι “Ο κ. Τσοχατζόπουλος ελέγχεται για τις ενέργειές του ως υπουργός Εθνικής Άμυνας την περίοδο από το 1996 έως 2001. Η επιτροπή συνδυάζει τις παραγγελίες εξοπλιστικών συστημάτων που έγιναν επί υπουργίας του με τις καταθέσεις μαρτύρων που είχαν συνεργαστεί με την εταιρία Siemens ότι είχαν δωροδοκήσει Έλληνες πολιτικούς και αξιωματούχους για τα Patriot”.
Στις 31 Μαρτίου 2011, η επιτροπή θεσμών και διαφάνειας της Βουλής αποφάσισε τον έλεγχο του πόθεν έσχες του πρώην υπουργού καθώς θεωρήθηκε ερευνητέο το ποσό των καταθέσεών του ύψους 178 εκατομμυρίων ευρώ.
Στις 11 Απριλίου του 2011, ο πρώην υπουργός και ιδρυτικό μέλος του κινήματος διαγράφεται οριστικά από το ΠΑΣΟΚ.
Τα πρώτα στοιχεία από την έρευνα του ΣΔΟΕ για το πόθεν έσχες του Άκη Τσοχατζόπουλου βλέπουν το φως της δημοσιότητας στις 26 Μαΐου 2011. Σύμφωνα με αυτά η τιμή που είχε δηλώσει ο Άκης Τσοχατζόπουλος ότι αγόρασε το σπίτι του στην οδό Διονυσίου Αρεοπαγίτου, ήταν μικρότερη από την αντικειμενική του αξία.
Τον Ιούλιο του 2011, ένα μήνα μετά την κατάθεση του πορίσματος της επιτροπής, στον Πρόεδρο της Βουλής σχετικά με την υπόθεση αγοράς των γερμανικών υποβρυχίων το ελληνικό κοινοβούλιο με ευρεία πλειοψηφία αποφάσισε την άσκηση ποινικής δίωξη κατά του Άκη Τσοχατζόπουλου για παθητική δωροδοκία σε βάρος του δημοσίου και τη νομιμοποίηση εσόδων από παράνομες δραστηριότητες.
Ο Άκης Τσοχατζόπουλος υποστήριζε διαρκώς ότι πρόκειται για σκευωρία και μάλιστα στις 27 Ιουλίου 2011 κατέθεσε προσφυγή στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
Εννέα μήνες μετά, στις 11 Απριλίου του 2012, ύστερα από ένταλμα που εκδόθηκε σε βάρος του από τον ειδικό ανακριτή Πρωτοδικών και την εισαγγελέα, συνελήφθη με την κατηγορία του ξεπλύματος βρώμικου χρήματος και οδηγήθηκε στην ΓΑΔΑ.
Στο εισαγγελικό πόρισμα που δημοσιεύτηκε μετά τη σύλληψή του, ανέφερε ότι: “Ο Άκης Τσοχατζόπουλος και οι συνεργάτες του συνέστησαν εγκληματική οργάνωση και για την πραγμάτωση του σκοπού τους ίδρυσαν τρεις Off shore εταιρείες, τις BLUBELL, ΝΟΒΙLIS και TORCASO, μέσω των οποίων προέβησαν σε σειρά παράνομων πράξεων, μεταξύ άλλων και νομιμοποίηση παράνομων αμοιβών μέσω του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας. Σε αυτές τις εταιρίες ιδιοκτήτης φαινόταν να είναι ο Άκης Τσοχατζόπουλος. […]Το χρονικό διάστημα από τον Μάιο 1998 έως τις 7/6/2001 φέρεται να απέκρυψε περιουσία συνολικού ύψους 16.202.000 ελβετικών φράγκων και 1.748.000 δολαρίων ΗΠΑ, χρήματα τα οποία αποτελούν προϊόν παθητικής δωροδοκίας του ίδιου σχετικά με τις συμβάσεις προμήθειας των οπλικών συστημάτων TOR M1. Την 2/12/2002 φέρεται να απέκρυψε περιουσία συνολικού ύψους 2.960.225 ελβετικών φράγκων σχετικά με τις συμβάσεις ΑΡΧΙΜΗΔΗΣ και ΠΟΣΕΙΔΩΝ 2 (υποβρύχια) τα οποία αποτελούν παράνομη αμοιβή που κατέβαλε μέσω άλλης εταιρίας η γερμανική εταιρία FERROSTAAL”.
Λίγες ημέρες μετά, ο Άκης Τσοχατζόπουλος θα οδηγηθεί στις φυλακές Κορυδαλλού όπως και η σύζυγος του, Βίκυ Σταμάτη.
Ύστερα από μια θυελλώδη δίκη 6 μηνών στο Τριμελές Εφετείο Κακουργημάτων, ο πρώην υπουργός καταδικάστηκε πρωτόδικα σε ποινή κάθειρξης 20 ετών για νομιμοποίηση εσόδων από εγκληματική δραστηριότητα.
Συγκεκριμένα το πρωτοβάθμιο δικαστήριο έκρινε πως ο Άκης Τσοχατζόπουλος ζητούσε ωφελήματα κατά τη διάρκεια της θητείας του στο υπουργείο Άμυνας από την άνοιξη του 1997 έως και τον Οκτώβριο του 2001, τα δε χρήματα που εισέπραξε διακινήθηκαν τμηματικά και μέσω άλλων προσώπων ή εταιρειών, ώστε να αποκρυφτεί η πραγματική τους προέλευση. Η έφεση δεν είχε ανασταλτικό χαρακτήρα και οδηγήθηκε στις φυλακές.
Τον Απρίλιο του 2014 το Εφετείο μείωσε την ποινή που του είχε επιβληθεί σε πρώτο βαθμό για ανακριβή δήλωση πόθεν έσχες από 8 χρόνια χωρίς αναστολή και ελαφρυντικά, σε 5,5 χρόνια κάθειρξη – φυλάκιση και χρηματική ποινή 210.000 ευρώ, αναγνωρίζοντας του το ελαφρυντικό του πρότερου εντίμου βίου.
Στις 5 Απριλίου 2017 το Πενταμελές Εφετείο Κακουργημάτων υιοθέτησε την πρόταση της εισαγγελέως και με πλειοψηφία τριών προς δύο, έκανε δεκτή την αίτηση του πρώην υπουργού, δίνοντας αναστολή στην εκτέλεση της πρωτόδικης ποινής των 20 ετών με περιοριστικούς όρους, που του είχε επιβληθεί για παράνομες αμοιβές από τις προμήθειες των ΤΟΡ-Μ1 και των υποβρυχίων.
Έτσι, ύστερα από 5 χρόνια και 5 αιτήσεις αποφυλάκισης, ο Άκης Τσοχατζόπουλος αποφυλακίσθηκε σήμερα με περιοριστικούς όρους.