Η αιτία τον πονοκεφάλων αυτών που προκαλεί η πολύωρη χρήση της 3D κονσόλας είναι η τεχνολογία που χρησιμοποιεί η κονσόλα για να καταφέρει να προβάλει 3D περιεχόμενο χωρίς τη χρήση των ειδικών γυαλιών.
Στην ουσία η τεχνολογία αυτή λειτουργεί προβάλλοντας διαφορετικές εικόνες σε κάθε μάτι, δημιουργώντας έτσι την ψευδαίσθηση του βάθους και κουράζοντάς τα όμως ταυτόχρονα.
Η εταιρία από την πλευρά της, από την πρώτη μέρα της κυκλοφορίας της κονσόλας ανακοίνωσε οτι οι χρήστες θα πρέπει να είναι πάνω από 7 ετών ενώ δεν θα πρέπει να παίζουν σε 3D Mode πάνω από 30 λεπτά.
Έτσι παρά τις μεγάλες ουρές από φανατικούς gamers, που υπήρχαν στα καταστήματα για να αγοράσουν πρώτοι την κονσόλα, αρκετοί είναι αυτοί που την αγόρασαν και πήγαν να την επιστρέψουν εξαιτίας των πονοκεφάλων που τους προκάλεσε και δεν πήραν πίσω όλα τα λεφτά τους.
Η Nintendo ανακοίνωσε οτι κάθε χρήστης μπορεί να ρυθμίσει το βάθος της 3D λειτουργίας ανάλογα με τις ανάγκες του, ενώ πρόσθεσε οτι οι παρενέργειες δεν είναι επικίνδυνες και υπάρχουν σε όλες τις συσκευές που προβάλλουν 3D περιεχόμενο και η μόνη λύση είναι να κάνει ο χρήστης ένα μικρό διάλειμμα.
Τέλος όσοι όμως έχουν οποιαδήποτε είδους ανησυχία μπορούν να μπουν στο site της εταιρίας και να επικοινωνήσουν με το τμήμα υποστήριξης.