Ο βασικός λόγος αυτής της διαγραφής δεν είναι όπως θα περίμενε κανείς, κάποια εντολή του FBI ή των δικαστικών αρχών, αλλά το κόστος διατήρησης τους στους servers που είναι αποθηκευμένα.
Το δημοφιλές site διαμοιρασμού αρχείων με διάφορες εταιρείες, οι οποίες αναλάμβαναν την αποθήκευση των αρχείων με κάποιο αντίτιμο και αφού τα κεφάλαια του Megaupload έχουν δεσμευτεί, οι εταιρίες αποφάσισαν να αρχίσουν να τα διαγράφουν.
Αυτή η διαγραφή δεν θα έχει κάποιο αντίκτυπο στους χρήστες μιας και όλα τα αποθηκευμένα αρχεία δεν είναι πια προσβάσιμα σε κανέναν και ούτε αναμένεται να γίνουν.
Από την πλευρά του, ο ιδρυτής του Megaupload, Kim Dotcom, αλλά και των πειρατικών κομμάτων ανά τον κόσμο, έχουν ξεκινήσει διαδικασίες κατά του FBI για να μην διαγραφούν τα αρχεία του site.