Ο δεύτερος τύπος του ιού προκαλεί βλάβες στα εσωτερικά όργανα, αλλά είναι λιγότερο σοβαρός από τον πρώτο. Αυτό το είδος του ιού επηρεάζει τους πνεύμονες και την κοιλιά και διαρκεί έως και 12 ημέρες.
Τα κοινά συμπτώματα του ιού Coxsackie είναι πυρετός, πονόλαιμος, κόπωση και απώλεια της όρεξης. Αυτό διαρκεί μόνο για δύο ή τρεις ημέρες. Στη συνέχεια, εμφανίζεται ως πληγές και φουσκάλες στο στόμα, τον λαιμό και τα χέρια.