Ο διεθνής μέσος έμεινε μόλις ένα χρόνο στη Λάρισα και αποχώρησε μετά την ένταση που δημιουργήθηκε στις σχέσεις του με τους φιλάθλους με αφορμή τις δηλώσεις του μετά το ματς με τον ΠΑΟΚ.
Οι δύο πλευρές έλυσαν κοινή συναινέσει την συνεργασία τους και ο Στέλιος Γιαννακόπουλος προχώρησε στην ακόλουθη δήλωση:
“Το βράδυ της Πέμπτης, μετά από ώριμη σκέψη και με δεδομένη την τεταμένη ατμόσφαιρα απέναντί μου, αποφάσισα να επικοινωνήσω με τον πρόεδρο της ομάδας μέσω του ατζέντη μου, με σκοπό να του ανακοινώσω την πρόθεσή μου να διακόψω κοινή συναινέσει και κυρίως φιλικά, τη συνεργασία μας. Η απόφασή μου να συνεχίσω την ποδοσφαιρική μου καριέρα σε μια σπουδαία ελληνική ομάδα όπως η ΑΕΛ, ήταν απολύτως συνειδητή. Καθώς γράφω αυτή την αποχαιρετιστήρια δήλωση, σκέφτομαι ότι αν με κάποιο τρόπο ταξίδευα πίσω στο χρόνο, η επιλογή μου θα ήταν η ίδια.
Ο ερχομός μου ήταν γεμάτος από όνειρα, τα οποία θεωρούσα πως ήταν ταυτόσημα με τα όνειρα της ΑΕΛ. Ο περσινός σοβαρός τραυματισμός μου (εναντίον του Άρη) και κυρίως οι συνεχόμενοι φετινοί τραυματισμοί μου, δεν μου επέτρεψαν να εκπληρώσω αυτά τα όνειρα. Με την ειλικρίνεια που με διέπει, ζητώ να πιστέψετε ότι οι αγωνιστικές υπηρεσίες που ήθελα να προσφέρω ήταν πολλές. Οι δύο αστείρευτες πηγές, για να προσφέρω αυτά που ήθελα, ήταν η αγάπη του κόσμου προς το πρόσωπό μου και το πάθος μου για το ποδόσφαιρο.
Από τα βάθη της ψυχής μου θέλω να ευχαριστήσω όλους τους συμπαίκτες μου, περσινούς και φετινούς, τη διοίκηση, τον προπονητή, τον βοηθό προπονητή, τον γυμναστή και τα τρία διαφορετικά ιατρικά επιτελεία. Εκ βάθους καρδιάς, θα ήθελα να ευχαριστήσω και τον κόσμο της ΑΕΛ, ο οποίος με στήριξε και με πίστεψε από την πρώτη μέρα της παρουσίας μου στην πόλη και την ομάδα. Αν η συμπεριφορά μου και η στάση μου δημιούργησαν προβλήματα στην ομάδα και πρόδωσαν τα όνειρα του φίλαθλου κόσμου της ΑΕΛ, ζητώ ταπεινά συγγνώμη. Η πρόθεσή μου, πάντως, ήταν να βοηθήσω με τις ποδοσφαιρικές ικανότητες και την εμπειρία μου στη συνέχεια της δίκαιης και δεδομένης ανοδικής πορείας που ακολουθεί η ομάδα τα τελευταία χρόνια.
Θέλω να ευχηθώ στην ΑΕΛ συνέχεια ανάλογη με την πλούσια σε τίτλους και διακρίσεις ιστορία της