Με την έναρξη της ακροαματικής διαδικασίας ο προεδρεύων του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου, Αθανάσιος Ράντος ανακοίνωσε ότι με παρεμπίπτουσα απόφαση του δικαστηρίου απερρίφθη, κατά πλειοψηφία 24 υπέρ έναντι 6 κατά, το αίτημα της Ένωσης Αθέων και πέντε προσφεύγοντων γονέων που ζητούσαν να αφαιρεθούν τα θρησκευτικά σύμβολα (εικόνα της Παναγίας) από τη δικαστική αίθουσα κατά τη συζήτηση των πέντε εν λόγω αιτήσεων ακυρώσεως.
Στη συνέχεια η σύμβουλος Επικρατείας Παρασκευή Μπραΐμη ανέπτυξε την εισήγησή της και εξέθεσε τους ισχυρισμούς των αντίθετων αιτήσεων ακυρώσεως για το μάθημα των θρησκευτικών (πρόγραμμα σπουδών και το περιεχόμενο του) στο Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο, ο υποχρεωτικός εκκλησιασμός και η καθημερινή πρωινή προσευχή στα σχολεία, ο τρόπος απαλλαγής από το μάθημα των θρησκευτικών, κ.ά. Στο ΣτΕ έχουν προσφύγει η Ένωση Αθέων, η Ελληνική Ένωση για τα Δικαιώματα του Ανθρώπου (ΕλΕΔΑ) και 24 γονείς μαθητών.
Παρεμβάσεις υπέρ του μαθήματος των θρησκευτικών και κατά των σχετικών υπουργικών αποφάσεων έχουν καταθέσει η Εκκλησία της Ελλάδας, η Εκκλησία της Κρήτης και ο «Πανελλήνιος Σύνδεσμος Θεολόγων «Καιρός» για την Αναβάθμιση της Θρησκευτικής Εκπαίδευσης».
Κατά την ακροαματική διαδικασία από τους δικηγόρους όλων των πλευρών, αναπτύχθηκαν οι αντίθετες νομικές θέσεις για τα επίμαχα θέματα. Τέθηκαν ζητήματα κατοχύρωσης της θρησκευτικής ελευθερίας σύμφωνα με την ΕΣΔΑ και το άρθρο 16 του Συντάγματος κ.λπ.
Σε όλη τη διάρκεια της ακροαματικής διαδικασίας παρακολούθησε τη διαδικασία το Jason-Αντιγόνη
Η Ολομέλεια επιφυλάχθηκε να εκδώσει τις αποφάσεις της.