Λόγω της πλεονεκτικής γεωγραφικής του θέσης και των εξαιρετικών οδικών και σιδηροδρομικών συνδέσεων του, είναι ο μεγαλύτερος λιμένας διαμετακομιστικού εμπορίου της χώρας και εξυπηρετεί τις ανάγκες των 15 περίπου εκατομμυρίων κατοίκων της διεθνούς ενδοχώρας του.
Βρίσκεται στο εσώτατο σημείο του Θερμαϊκού κόλπου, στο βόρειο τμήμα της ανατολικής Μεσογείου, προς τα δυτικά του κέντρου της πόλης της Θεσσαλονίκης. Η προσέγγιση των πλοίων πραγματοποιείται με φυσικό κανάλι μεγάλου βάθους το οποίο δεν χρειάζεται εκβάθυνση.
Καταλαμβάνει χώρο έκτασης 1,5 εκατομμύρια τμ και εκτείνεται σε μήκος 3,5 χιλιομέτρων.
Οι εγκαταστάσεις του περιλαμβάνουν έξι προβλήτες, κρηπιδώματα μήκους 6200 μέτρων με βύθισμα της θάλασσας έμπροσθεν αυτών έως 12 μέτρα και κλειστούς και ανοικτούς αποθηκευτικούς χώρους συνολικής επιφάνειας 600.000 τμ, κατάλληλες για την εξυπηρέτηση όλων των ειδών των φορτίων και την εξυπηρέτηση της επιβατικής κίνησης.
Διαθέτει επίσης εγκαταστάσεις για τη διακίνηση υγρών καυσίμων και είναι συνδεδεμένο με τον διασυνοριακό αγωγό μεταφοράς υγρών καυσίμων, βρίσκεται δε κοντά στον διεθνή αγωγό μεταφοράς φυσικού αερίου.
Λόγω του εύκρατου κλίματος, της καλά προστατευμένης από καιρικές συνθήκες πρόσβασης, της ύπαρξης κυματοθραύστη μήκους 1000 μ που προστατεύει από τους νοτίους ανέμους, της σχεδόν μηδαμινής παλίρροιας (μέγιστο ύψος 0,7 μ) και των ασφαλών εγκαταστάσεων του λιμένος η φορτοεκφόρτωση των εμπορευμάτων και η αποβίβαση/επιβίβαση των επιβατών σε πλοία, πραγματοποιείται απρόσκοπτα καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους.
Τμήμα του λιμένος αποτελεί η Ελεύθερα Ζώνη (ελέγχου τύπου Ι: ύπαρξη περίφραξης, τελωνειακός έλεγχος των εμπορευμάτων στα σημεία εσόδου- εξόδου, έλεγχος προσώπων και οχημάτων) του λιμένος της Θεσσαλονίκης, η οποία από το 1995 λειτουργεί σύμφωνα με Κοινοτικό Τελωνειακό Κώδικα.
Διαθέτει πυκνό οδικό δίκτυο, το οποίο ενώνεται απευθείας, παρακάμπτοντας την πόλη, με το εθνικό και διεθνές οδικό δίκτυο.
Όλα τα κρηπιδώματα του λιμένος διαθέτουν διπλές/τριπλές σιδηροδρομικές γραμμές και είναι συνδεδεμένα με το εθνικό και διεθνές σιδηροδρομικό δίκτυο.
Βρίσκεται στη διασταύρωση σπουδαίων χερσαίων δικτύων μεταφοράς, Ανατολής – Δύσης (Εγνατία οδός) και Νότου-Βορρά (ΠΑΘΕ: Πάτρα-Αθήνα- Θεσσαλονίκη-Εύζωνοι ή Ειδομένη) ο οποίος συνεχίζει προς βορρά αφενός ως διάδρομος Ανατολής – Ανατολικής Μεσογείου, του Κεντρικού δικτύου των Διευρωπαϊκών Δικτύων Μεταφοράς (TEN-T Core Network Corridor Orient – East Med), αφετέρου ως πανευρωπαϊκός διάδρομος Δέκα Χ.
Έχει χαρακτηριστεί ως Λιμένας Διεθνούς Ενδιαφέροντος στο Λιμενικό Σύστημα της Χώρας (ΦΕΚ 202Β/16.2.07) και ένας από τους πέντε ελληνικούς λιμένες που ανήκει στο Κεντρικό Δίκτυο των Διευρωπαϊκών Δικτύων Μεταφοράς.
Απέχει ένα χιλιόμετρο από τον Επιβατικό Σιδηροδρομικό Σταθμό και 16 χιλιόμετρα από το Διεθνές Αεροδρόμιο της πόλης.