Η παλινδρόμηση χολής μπορεί να συνοδεύει την γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση, δηλαδή την αντίθετη ροή των οξέων του στομάχου προς τον οισοφάγο. Ωστόσο, η παλινδρόμηση χολής οξύ και η γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση είναι διαφορετικές καταστάσεις.
Τα συμπτώματα μεταξύ των δύο είναι παρόμοια και υπάρχουν περιπτώσεις όπου εκδηλώνονται ταυτόχρονα. Γενικά, δεν είναι σαφές τι ρόλο ακριβώς παίζει η χολή σε καταστάσεις στομαχικής παλινδρόμησης.