Η ποινική δίωξη κατά της Ελένης Τουλουπάκη, βασίζεται στην παραγγελία του αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου, Ευάγγελου Ζαχαρή ο οποίος διενήργησε την έρευνα για τους δικονομικούς χειρισμούς στην υπόθεση της Novartis.
Τα αδικήματα για τα οποία ασκήθηκε δίωξη εις βάρος της κυρίας Τουλουπάκη είναι:
Κατάχρηση εξουσίας (κακούργημα), κατάχρηση εξουσίας, παράβαση καθήκοντος κατ εξακολούθηση, ψευδή βεβαίωση κατ εξακολούθηση, παραβίαση δικαστικού απορρήτου και παράβαση του νόμου περί προσωπικών δεδομένων (πλημμελήματα).
Η δικογραφία έχει ήδη διαβιβαστεί προκειμένου να χρεωθεί σε ανακριτή.
Παράλληλα από την εισαγγελία Πρωτοδικών διατάχθηκε προκαταρκτική εξέταση με βάση τα περιγραφόμενα στο πόρισμα του δεύτερου αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Λάμπρου Σοφουλάκη, ο οποίος σε σχέση με την Ελένη Τουλουπάκη ζητεί αρχειοθέτηση.
Η νέα εισαγγελική έρευνα που ξεκινάει για την αναζήτηση ενδεχόμενων ποινικών ευθυνών τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ι. Αγγελή, την τέως επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Ράικου, οι οποίοι είχαν εξεταστεί τόσο κατά τη διάρκεια της προκαταρκτικής ενώπιον του Αρείου Πάγο που όσου και ενώπιον της Βουλής για την «υπόθεση Παπαγγελόπουλου», όπως επίσης και τους κατηγορούμενους στην υπόθεση της Novartis Νίκο Μανιαδάκη και Κωνσταντίνο Φρουζή καθώς και τον μάρτυρα Ν. Μανία.
Επίσης, δεύτερη προκαταρκτική έρευνα για διενεργηθεί με βάση παραγγελία του κ. Ζαχαρή για καταγγελίες που περιλαμβάνονται στις μηνύσεις που έχουν καταθέσει πολιτικά πρόσωπα για την υπόθεση.
Επίσης, σε ό,τι αφορά τους δυο επίκουρους Χρ. Ντζούρα και Στ. Μανώλη ο φάκελος μπαίνει στο αρχείο καθώς και οι δυο ανώτατοι εισαγγελικοί λειτουργοί ότι δεν προκύπτουν στοιχεία σε βάρος τους.