Πρόκειται για την πρώτη ακτοπλοϊκή εταιρεία στην Ελλάδα που απέσυρε πλαστικά καλαμάκια και τα αντικατέστησε με βιοδιασπώμενα φιλικά προς το περιβάλλον. Επίσης, στα καταστήματα των πλοίων χρησιμοποιούνται αποκλειστικά χάρτινες σακούλες.
Αξίζει ακόμη να σημειωθεί ότι, για τα πλοία των Μινωικών Γραμμών έχει εξασφαλιστεί η υψηλότερη δυνατή ενεργειακή απόδοση αποφέροντας μείωση της κατανάλωσης καυσίμων, άρα και μείωση εκπομπών ρύπων, κατά 25% και στοχεύουν σε ακόμα καλύτερες περιβαλλοντικές επιδόσεις.