Συγκεκριμένα, στην προσφυγή της υποστηρίζει πως ο νέος οργανισμός παραβιάζει το Σύνταγμα του υπουργείου Παιδείας (Προεδρικό Διάταγμα 18/2018) από την αποστολή του οποίου αφαιρέθηκε η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης», δηλαδή αφαιρέθηκε η θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου.
Παράλληλα με την προσφυγή υποστήριζεται πως με το νέο οργανισμό περιορίστηκε το δικαίωμα αυτοδιοίκησης της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Οι ενστάσεις της εκκλησίας
Στην αίτηση ακύρωσης η Εκκλησία της Ελλάδος υποστηρίζει ότι είναι αντίθετη στο άρθρο 16 του Συντάγματος η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου, κάτι που υπήρχε στον προγενέστερο οργανισμό του έτους 2014 (Π.Δ. 114/2014).
Επίσης, στην προσφυγή υποστηρίζεται οτι παραβιάζουν τόσο το Σύνταγμα, όσο και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), οι διατάξεις εκείνες του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας που περιορίζουν το δικαίωμα αυτοδιοίκησης επί των εσωτερικών ζητημάτων της Εκκλησίας της Ελλάδος και των νομικών προσώπων που αυτή εποπτεύει.
Με τις νέες ρυθμίσεις θεσπίζεται κρατική εποπτεία στη υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας για την άσκηση εποπτείας και συνδιοίκησης στην Εκκλησία της Ελλάδος επί θρησκευτικών και εκκλησιαστικών ζητημάτων.
Σύμφωνα με την προσφυγή της Εκκλησίας της Ελλάδος οι εν λόγω διατάξεις του Π.Δ. 18/2018 είναι αντίθετες στα άρθρα 3,12 και 13 του Συντάγματος και στα άρθρα 9 και 11 της ΕΣΔΑ, καθώς παρεμβαίνουν στην διοίκηση της θρησκευτική κοινότητας (Εκκλησία της Ελλάδος και τα εποπτευόμενα από αυτήν νομικά πρόσωπα) και παραβιάζουν το δικαίωμα της θρησκευτικής αυτονομίας.
Ταυτόχρονα, τονίζεται ότι οι αρμοδιότητες που ανατίθενται στη νέα υπό σύσταση Γενική Γραμματεία Θρησκευμάτων του υπουργείου Παιδείας, είναι μη νόμιμες, καθώς δεν παρέχονται από καμία ειδική ή γενική νομοθετική εξουσιοδότηση.