Ο Ισίδωρος Ντογιάκος διορίστηκε στο εισαγγελικό σώμα στις 3 Σεπτεμβρίου 1983, ενώ, προήχθη στο βαθμό του εισαγγελέα εφετών στις 6 Αυγούστου 2013 και στο βαθμό του αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου μόλις πριν από λίγους μήνες μετά από μία θυελλώδη διαδρομή στην Εισαγγελία Εφετών της Αθήνας της οποίας εξελέγη προϊστάμενος επί δύο θητείες.
Τη δεύτερη φορά ωστόσο κηρύχθηκε έκπτωτος ένα μήνα μετά την εκλογή του, λόγω πειθαρχικής ποινής στέρησης μισθού 40 ημερών που του είχε επιβληθεί. Η πειθαρχική ποινή σε βάρος του κ. Ντογιάκου αφορούσε σε «συμπεριφορά μη συνάδουσα με την ιδιότητά του ως εισαγγελικού λειτουργού και κατάχρηση εξουσίας ως διευθύνων την Εισαγγελία Εφετών Αθηνών». Η πειθαρχική δίωξη του είχε ασκηθεί από την πρόεδρο του Αρείου Πάγου και σημερινή νομική σύμβουλο του Μεγάρου Μαξίμου, Βασιλική Θάνου.
Χρυσή Αυγή η πιο σημαντική υπόθεση
Προηγήθηκε τα προηγούμενα χρόνια, ο χειρισμός της υπόθεσης της Χρυσής Αυγής μαζί με τις ειδικές εφέτες ανακρίτριες Ιωάννα Κλάπα και Μαρία Δημητροπούλου. Ο Ισίδωρος Ντογιάκος ήταν ο αρμόδιος εισαγγελέας για την έρευνα και ήταν εκείνος που έκανε την πρόταση για την παραπομπή των κατηγορουμένων στο εδώλιο.
Όσο χειριζόταν την υπόθεση της Χρυσής Αυγής δέχθηκε δεκάδες φορές επιθέσεις από τα μέλη και τους βουλευτές της οι οποίοι τον χαρακτήριζαν ως εισαγγελέα «ειδικών αποστολών» και ως «υποχείριο του Σαμαρά».
Κατά τη διάρκεια της θητείας του ως εισαγγελέας Εφετών ο Ισίδωρος Ντογιάκος είχε χειριστεί την υπόθεση που αφορούσε στα αμαρτωλά ομόλογα των Ταμείων, όπως αυτό των δημοσιογράφων (ΤΣΠΕΑΘ), αλλά και την υπόθεση με το Ταμείο Εθνικής Οδοποιίας.
Επίσης, ο κ. Ντογιάκος είχε διερευνήσει την υπόθεση με το κύκλωμα των ακινήτων.
Ωστόσο, ο εισαγγελικός λειτουργός από τα πρώτα χρόνια της θητείας του είχε χειριστεί σημαντικές υποθέσεις. Τη δεκαετία του ‘90 είχε αναλάβει να φέρει εις πέρας την έρευνα για τον τρόπο απόκτησης της περιβόητης βίλας του αείμνηστου Ανδρέα Παπανδρέου στην Εκάλη. Επίσης, την υπόθεση των παράνομων ελληνοποιήσεων, η οποία τελικά αρχειοθετήθηκε με πολιτική πράξη.
