Κατά τη διάρκεια της κατοχής ο Κωτούλας μαζί με τον Ηλία Καζάκο οργάνωναν φυγαδεύσεις προς την Μέση Ανατολή.
Η Γκεστάπο όταν πληροφορήθηκε σχετικά με την δράση τους άρχισε να τους παρακολουθεί. Όταν συνειδητοποίησαν ότι η ζωή τους κινδυνεύει αποφάσισαν να εγκαταλείψουν την Ελλάδα. Ωστόσο η Γκεστάπο τους εντόπισε και στάλθηκαν στις φυλακές Αβέρωφ…
Ο Κωτούλας παρά τα φρικτά βασανιστήρια στα οποία υποβλήθηκε, προκειμένου να αποκαλύψει συνεργούς του, δεν υπέκυψε. Την προήγουμενη μέρα της εκτέλεσης του μάλιστα έστειλε και ένα γράμμα στον αδερφό του προσπαθώντας να τον παρηγορήσει…
