Όλοι όσοι έχουν προσφύγει υποστηρίζουν ότι με τις αποφάσεις του κ. Φίλη πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του».
Μεταξύ άλλων υποστηρίζεται από τους προσφεύγοντας πως με το νέο πρόγραμμα σπουδών το μάθημα των θρησκευτικών, μετατράπηκε σε «ιδιότυπη θρησκειολογία, στην οποία αναμειγνύονται η Ορθόδοξη Πίστη με τα υπόλοιπα δόγματα και θρησκεύματα, δημιουργώντας σύγχυση στους μαθητές, οι οποίοι λόγω του νεαρού της ηλικίας τους, κατά κανόνα αγνοούν και τα βασικότερα σημεία της πίστης στην οποία ανήκουν, ως βαπτισμένοι Ο.Χ.».
Επιπλέον τονίζεται πως επιχειρείται μία διείσδυση στη θρησκευτική συνείδηση των μαθητών, με σκοπό τη μεταβολή της, όπως εξάλλου σημειώνεται και στην εισηγητική έκθεση των εν λόγω υπουργικών αποφάσεων, όπου γίνεται λόγος για αναστοχασμό των μαθητών πάνω στα θέματα της θρησκείας.
Την ίδια στιγμή θεολόγοι και καθηγητές κάνουν λόγο για συρρίκνωση του χρόνου διδασκαλίας της ορθόδοξης πίστης, ο οποίος απορροφάται από την παράλληλη διδασκαλία των άλλων θρησκειών, με αποτέλεσμα να περιθωριοποιείται και αποδυναμώνετε πλήρως το δικαίωμα της θρησκευτικής εκπαίδευσης, κατά παράβαση των συνταγματικών διατάξεων.
Παράλληλα, επισημαίνουν πως οι μαθητές στερούνται του συνταγματικού τους δικαιώματος να διδαχθούν αυτούσια την πίστη τους στο σχολείο, δικαίωμα που αντιθέτως απολαμβάνουν οι ετερόθρησκοι και ετερόδοξοι μαθητές, προσθέτουν οι γονείς.
Οι προσφεύγοντες υποστηρίζουν πως με τις αποφάσεις του κ. Φίλη παραβιάστηκε μία σειρά άρθρων του Συντάγματος όπως και η νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας που μεταξύ των άλλων έχουν κρίνει ότι μεταξύ των σκοπών της παρεχόμενης στα σχολεία παιδείας είναι και η ανάπτυξη, σε τουλάχιστον επαρκή βαθμό, της θρησκευτικής συνειδήσεως των Ελλήνων μαθητών σύμφωνα με τις αρχές του Ορθόδοξου Χριστιανικού δόγματος, η διδασκαλία του οποίου είναι η υποχρεωτική παρακολούθηση του από τους μαθητές οι οποίοι ανήκουν στην Ορθόδοξη Χριστιανική Εκκλησία και πως η Πολιτεία πρέπει να λαμβάνει τα αναγκαία μέτρα για την εξασφάλιση του μαθήματος των θρησκευτικών, μάλιστα με ικανό αριθμό ωρών διδασκαλίας εβδομαδιαίως.