Μετά από αυτήν την εξέλιξη, την «σκυτάλη» των ερευνών παίρνει η Εισαγγελία Διαφθοράς προκειμένου να ερευνήσει τις συνθήκες μεταβίβασης των Ναυπηγείων στη γερμανική κοινοπραξία!Στο στόχαστρο της εισαγγελικής έρευνας θα τεθούν οι ενδεχόμενες ποινικές ευθύνες όλων των εμπλεκόμενων φορέων στην επίμαχη διαδικασία συμπεριλαμβανομένων και των πολιτικών προσώπων που συμμετείχαν στη Διυπουργική Επιτροπή Αποκρατικοποίησης.
Συγκεκριμένα, η Εισαγγελία Διαφθοράς θα ερευνήσει εάν έχει διαπραχθεί το αδίκημα της απιστίας σε βάρος του δημοσίου και αν ναι από ποιους, ενώ, σε περίπτωση που προκύψουν ποινικές ευθύνες πολιτικών προσώπων η δικογραφία θα διαβιβαστεί στη Βουλή. Εκτός βέβαια εάν προκύψει η τέλεση του αδικήματος του ξεπλύματος βρόμικου χρήματος το οποίο ακόμα και αν αφορά πολιτικά πρόσωπα ερευνάται από την τακτική δικαιοσύνη!
Οι εκτιμήσεις των δικαστικών αρχών είναι πως η ζημία του ελληνικού δημοσίου είναι πολύ μεγαλύτερη καθώς η επίμαχη η ιδιωτικοποίηση φέρεται να ήταν ουσιαστικά ”δώρο” στη γερμανική κοινοπραξία. Συγκεκριμένα, η γερμανική κοινοπραξία ουδέποτε κατέβαλε το ποσό που είχε δεσμευθεί να καταβάλει ως αύξηση μετοχικού κεφαλαίου στην ΕΝΑΕ ,ενώ την ημέρα της υπογραφής της σύμβασης ιδιωτικοποίησης (31/5/2002) υπογράφεται και η σύμβαση για τον εκσυγχρονισμό των γερμανικών υποβρυχίων. Παράλληλα, στα «χαρτιά» έμεινε-ουσιαστικά- η συνέχιση της λειτουργίας τους και ο εκσυγχρονισμός τους που άλλωστε ήταν και ο βασικός σκοπός της ιδιωτικοποίησης τους!
Η έρευνα των ανακριτών διαφθοράς που περνάει πλέον στα χέρια των εισαγγελέων διαφθοράς αφορούσε τις συμβάσεις των εξοπλιστικών προγραμμάτων και τα αδικήματα της δωροδοκίας και της νομιμοποίησης εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες. Μετά από βούλευμα του Συμβουλίου Εφετών ωστόσο, οι ανακριτές διαφθοράς κατέληξαν πως πως η πώληση των ΕΝΑΕ έγινε χωρίς καμία διαφανή διαγωνιστική διαδικασία,αλλά και κατά παραβίαση των κατευθυντήριων γραμμών της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την Ιδιωτικοποίηση Εταιρειών που βρίσκονται υπό κρατικό έλεγχο. Ήδη έχουν απαγγείλει κατηγορία για κακουργηματική απιστία σε βάρος ενός υπαλλήλου των ΕΝΑΕ, ωστόσο εκτιμούν ότι εκτός από αυτόν προκύπτουν ποινικές ευθύνες και σε βάρος άλλων προσώπων που συμμετείχαν στις διαπραγματεύσεις.
Από τη μελέτη των εγγράφων, των προσφορών όλων εταιρειών για την εξαγορά των ΕΝΑΕ και την αξιολόγηση των συμβάσεων προέκυψε μεταξύ άλλων πως η γερμανική κοινοπραξία τέθηκε σε πλεονεκτική θέση έναντι των άλλων διαγωνιζομένων από τους εμπλεκόμενους στη διαδικασία (μέλη της ΕΝΑΕ, εργαζόμενοι, ΕΤΒΑ και μέλη της ελληνικής Κυβέρνησης) ώστε να προτιμηθεί έναντι των αντιπάλων της.
Επίσης, οι ανακριτές κατέληξαν στο συμπέρασμα πως η γερμανική κοινοπραξία, έχοντας πλήρη γνώση και εικόνα για τα οικονομικά δεδομένα της ΕΝΑΕ (εκκρεμείς συμβάσεις, χρέη και παράνομες κρατικές ενισχύσεις )αξίωσε και τελικά κατάφερε να πάρει συγκεκριμένα ανταλλάγματα. Σημειώνεται πως οι συνθήκες υπογραφής της σύμβασης ιδιωτικοποίησης αποτέλεσαν αντικείμενο έρευνας και της Γενικής Διεύθυνσης Ανταγωνισμού της Ευρωπαϊκής Επιτροπής , η οποία κατέληξε στο συμπέρασμα ότι η ιδιωτικοποίηση ζημίωσε το ελληνικό Δημόσιο χαρακτηρίζοντας μάλιστα παράνομη την επιλογή της προσφοράς των γερμανών.