Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγαν μετά την Εκκλησία της Ελλάδος, η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιά Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η «Πανελλήνια ‘Ενωσις Θεολόγων», η «Εστία Πατερικών Μελετών» και δύο γονείς, των οποίων τα παιδιά τους φοιτούν στο Δημοτικό σχολείο και στο Λύκειο.
Συγκεκριμένα με τις νέες προσφυγές υποστηρίζεται ότι είναι αντίθετη τόσο στο άρθρο 16 του Συντάγματος, όσο και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου. Παράλληλα τονίζεται ότι -σύμφωνα με τις επιταγές του άρθρου 16 του Συντάγματος- το κράτος και ειδικότερα το υπουργείο Παιδείας, οφείλει να δρα για την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνειδήσεως των Ελληνοπαίδων, μέσω του μαθήματος των θρησκευτικών, ώστε να διδάσκεται σε ικανό αριθμό ωρών εβδομαδιαίως, «επί τη βάσει αποκλειστικών και μόνον των αρχών των δογμάτων, της διδασκαλίας και των Ιερών παραδόσεων της ορθοδοξίας».
Επιπλεόν η Ιερά Μητρόπολη Πειραιά και οι άλλοι προσφεύγοντες επισημαίνουν πως σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».
Παραλληλα, αναφέρεται πως στο άρθρο 9 της ΕΣΔΑ, κατοχυρώνεται το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, ενώ στο άρθρο 2 του πρώτου πρόσθετου πρωτοκόλλου της ΕΣΔΑ, τονίζεται: «Ουδείς δύναται να στερηθή του δικαιώματος, όπως εκπαιδευθεί. Παν κράτος εν τη ασκήσει των αναλαμβανομένων υπ΄ αυτού καθηκόντων επί του πεδίου της μορφώσεως και της εκπαιδεύσεως θα σέβεται το δικαίωμα των γονέων όπως εξασφαλίζωσιν την μόρφωσιν και εκπαίδευσιν ταύτην συμφώνως προς τας ιδίας αυτών θρησκευτικά και φιλοσοφικάς πεποιθήσεις».