Όπως αναφέρει η εβδομαδιαία γερμανική εφημερίδα Die Zeit, ο Βερτόνε, υπουργός Εξωτερικών του Βατικανού, ήταν εκείνος που εμπόδισε τις προσπάθειες της τελευταίας στιγμής να τιμωρηθεί ο Λόρενς Μέρφι ιερέας που οποίος ευθύνεται για τη σεξουαλική κακοποίηση 200 κωφάλαλων αγοριών σε ίδρυμα του Γουινσκίνσιν στις ΗΠΑ.
Για την ίδια υπόθεση, οι New York Times κατηγορούν τον Ποντίφικα. Στη διάρκεια έκτακτης συνόδου που συνεκλήθη στο Βατικανό το 1998 για την υπόθεση του Μέρφι, ο καρδινάλιος Μπερτόνε ήγειρε πολλά εμπόδια απέναντι στο ενδεχόμενο διεξαγωγής δίκης στους κόλπους της Εκκλησίας. Συγκεκριμένα είχε αναφερθεί στη δυσκολία διεξαγωγής της δίκης σε απόλυτη μυστικότητα καθώς επίσης και στη δυσκολία να υπάρξουν μαρτυρίες και αποδείξεις χωρίς τον κίνδυνο διόγκωσης του σκανδάλου.
Πάντως, οι Νew York Τimes δημοσίευσαν πως το 1996 υπήρξε αλληλογραφία ανάμεσα στον Μέρφι και τον σημερινό Πάπα Βενέδικτο ΙΣΤ, τότε καρδινάλιο Γιόζεφ Ράτσινγκερ. Ο τελευταίος ενημερώθηκε για την υπόθεση από τον αρχιεπίσκοπο του Γουινσκόνσιν, ο οποίος τού έστειλε δυο γράμματα για το θέμα αυτό.
Μια κεκλεισμένων των θυρών εκκλησιαστική δίκη κατά του Μέρφι απεφεύχθη ύστερα από επιστολή του Αμερικανού ιερέα προς τον Γιόζεφ Ράτσινγκερ, από τον οποίο ζητούσε να σταματήσει τη διαδικασία. Το Βατικανό υπεραμύνθηκε της ενέργειας αυτής του πάπα Βενέδικτου XVI, τονίζοντας ότι ο Ποντίφικας ενημερώθηκε πολύ αργά όταν ο ιερέας Μέρφι ήταν ήδη αρκετά μεγάλος σε ηλικία και άρρωστος.
