Η Τουρκία αμφισβήτησε την ελληνική κυριαρχία στο Αιγαίο και για πρώτη φορά Ελλάδα και Τουρκία έφτασαν μια ανάσα από την ένοπλη σύρραξη, αλλά αυτή αποφεύχθηκε με παρέμβαση του ΝΑΤΟ και των ΗΠΑ. Έμεινε άλλωστε στην ιστορία η δήλωση του τότε πρωθυπουργού Κώστα Σημίτη στη Βουλή (σ.σ. είχε εκλεγεί εσπευσμένα στις 18 Ιανουαρίου από την Κ.Ο. του ΠΑΣΟΚ λόγω της ασθένειας του Ανδρέα Παπανδρέου) «θέλω να ευχαριστήσω την κυβέρνηση των ΗΠΑ για την πρωτοβουλία και την βοήθειά τους».
Τις τελευταίες μέρες της κρίσης, τρεις Έλληνες αξιωματικοί του Πολεμικού Ναυτικού έχασαν τη ζωή τους όταν το ελικόπτερο στο οποίο επέβαιναν συνετρίβη στη θάλασσα, με το δυστύχημα, επισήμως, να αποδίδεται σε τεχνικά αίτια.
Όλα ξεκίνησαν ανήμερα των Χριστουγέννων του 1995 όταν το τουρκικό φορτηγό πλοίο Φιγκέν Ακάτ προσάραξε σε αβαθή ύδατα κοντά στην Μικρή Ίμια και εξέπεμψε σήμα κινδύνου. Το λιμεναρχείο Καλύμνου διέθεσε ρυμουλκό για να αποκολλήσει το τουρκικό πλοίο, αλλά ο πλοίαρχος αρνήθηκε, υποστηρίζοντας ότι βρισκόταν σε τουρκική περιοχή και άρα οι τουρκικές αρχές είχαν την αρμοδιότητα να του προσφέρουν βοήθεια.
Στις 26 Δεκεμβρίου το λιμεναρχείο ενημέρωσε την αρμόδια διεύθυνση του υπουργείου Εξωτερικών, το οποίο μέσω του γραμματέα της ελληνικής πρεσβείας στην Άγκυρα, Γιάννη Παπαμελετίου, ειδοποίησε τον γραμματέα της διεύθυνσης Ελληνικών Υποθέσεων του τουρκικού υπουργείου Εξωτερικών Τσινάρ Εγκίν ότι, αν δεν παρέμβαινε ρυμουλκό, το τουρκικό πλοίο θα κινδύνευε. Στις 27 Δεκεμβρίου το τουρκικό υπουργείο Εξωτερικών ενημερώνει την ελληνική πρεσβεία ότι, ανεξαρτήτως του ποιος θα ανελάμβανε τη διάσωση του πλοίου, υπήρχε γενικότερα θέμα με τα Ίμια.
Στις 28 Δεκεμβρίου δύο ελληνικά ρυμουλκά αποκόλλησαν το τουρκικό φορτηγό και το οδήγησαν στο λιμάνι Κιουλούκ της Τουρκίας. Το ίδιο πρωί, ένα πλήρως εξοπλισμένο τουρκικό μαχητικό αεροσκάφος κατέπεσε στα ελληνικά χωρικά ύδατα, στην περιοχή της Λέσβου, ύστερα από εμπλοκή με ελληνικά μαχητικά. Ο Τούρκος πιλότος διασώθηκε με ελληνική βοήθεια.
Στις 29 Δεκεμβρίου το τουρκικό υπουργείο Εξωτερικών επιδίδει διακοίνωση στο αντίστοιχο ελληνικό, όπου αναφέρεται ότι οι βραχονησίδες Ίμια είναι καταχωρισμένες στο κτηματολόγιο Μουγκλά του νομού Μπόντρουμ (σ.σ. Αλικαρνασσός) και ανήκουν στην Τουρκία. Η Τουρκία έθετε θέμα ιδιοκτησίας των νησιών.
Στις 25 Ιανουαρίου 1996, ο δήμαρχος Καλύμνου ύψωσε την ελληνική σημαία στη Μικρή Ίμια, συνοδευόμενος από τον αστυνομικό διευθυντή Καλύμνου Γ. Ριόλα και δύο κατοίκους του νησιού ενώ την επόμενη μέρα υψώθηκε η σημαία και στην άλλη βραχονησίδα.
Τα τουρκικά ΜΜΕ μετέδωσαν εικόνες με την ελληνική σημαία υψωμένη στα Ίμια. Δύο δημοσιογράφοι του γραφείου της εφημερίδας Χουριέτ στη Σμύρνη, πέταξαν με ελικόπτερο στις 27 Ιανουαρίου στη Μικρή Ίμια, υπέστειλαν την ελληνική σημαία και ύψωσαν την τουρκική. Η όλη επιχείρηση βιντεοσκοπήθηκε και προβλήθηκε από το τηλεοπτικό κανάλι που ανήκει στη Χουριέτ.
Όπως ήταν φυσικό, προκλήθηκε σάλος και η κρίση κλιμακώθηκε περισσότερο τις επόμενες μέρες. Το πρωί της Κυριακής στις 28 Ιανουαρίου 1996, το περιπολικό του Πολεμικού Ναυτικού “Αντωνίου” κατέβασε την τουρκική σημαία και ύψωσε την ελληνική παραβαίνοντας την πολιτική εντολή που ήταν μόνο να υποσταλεί η τούρκικη σημαία. Το βράδυ Έλληνες βατραχάνθρωποι αποβιβάστηκαν στη Μικρή Ίμια από το περιπολικό “Πυρπολητής” προκειμένου να φυλάξουν τη σημαία κατά τις νυχτερινές ώρες και να επιστρέψουν στο σκάφος τους πριν την ανατολή του ηλίου. Το μεσημέρι της Δευτέρας ο σχεδιασμός άλλαξε και αποφασίστηκε η συνεχής φύλαξή της σημαίας, οπότε οι βατραχάνθρωποι επέστρεψαν στη βραχονησίδα.
Το απόγευμα της 29ης Ιανουαρίου, ο πρωθυπουργός Κώστας Σημίτης, στις προγραμματικές του δηλώσεις στη Βουλή, στέλνει μήνυμα προς την Τουρκία, ότι σε οποιαδήποτε πρόκληση η Ελλάδα θα αντιδράσει άμεσα και δυναμικά. Την Τρίτη στις 30 Ιανουαρίου, η πρωθυπουργός της Τουρκίας Τανσού Τσιλέρ δηλώνει στην τουρκική βουλή ότι την επόμενη μέρα η ελληνική σημαία και ο ελληνικός στρατός θα απομακρυνθούν από τα Ίμια.
Στις 31 Ιανουαρίου και ώρα 01:40 τουρκικές ειδικές δυνάμεις αποβιβάζονται στη Μεγάλη Ίμια. Στις 05:30 της ίδιας μέρας ελικόπτερο του ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού, που απονηώθηκε από τη φρεγάτα Ναυαρίνο για να διαπιστώσει την πληροφορία παρουσίας Τούρκων στη βραχονησίδα, κατέπεσε κατά την επιστροφή του στη φρεγάτα και τα τρία μέλη του πληρώματος, ο υποπλοίαρχος Χριστόδουλος Καραθανάσης, ο υποπλοίαρχος Παναγιώτης Βλαχάκος και ο αρχικελευστής Έκτορας Γιαλοψός, έχασαν τη ζωή τους.
Η επίσημη θέση του Πολεμικού Ναυτικού είναι ότι το ελικόπτερο κατέπεσε λόγω κακοκαιρίας και απώλειας προσανατολισμού του πιλότου (Vertigo). Υπάρχει όμως και η άποψη ότι το ελικόπτερο καταρρίφθηκε είτε από το τουρκικό Ναυτικό είτε από τους τούρκους καταδρομείς που υπήρχαν πάνω στο νησί, και ότι η αληθινή αιτία της πτώσης αποκρύφτηκε προκειμένου να λήξει η κρίση και να μην οδηγηθούν οι δύο χώρες σε γενικευμένη σύρραξη.
Κατά τη διάρκεια της κρίσης υπήρξαν έντονες πιέσεις από τις ΗΠΑ για να λήξει το επεισόδιο. Ο τότε Αμερικανός πρόεδρος Μπιλ Κλίντον ενημερώθηκε πρώτα από την πρωθυπουργό της Τουρκίας Τανσού Τσιλέρ πως Ελλάδα και Τουρκία ξεκινούν πόλεμο, επειδή δύο Τούρκοι δημοσιογράφοι και κάποιοι Έλληνες βαρκάρηδες συνεπλάκησαν σε έναν βράχο που κατοικούσε μία κατσίκα.
Ο Ρίτσαρντ Χόλμπρουκ, με εντολή Κλίντον, επικοινώνησε τηλεφωνικά με τους δύο πρωθυπουργούς που δεσμεύτηκαν να αποσύρουν τις δυνάμεις τους και να υποστείλουν τις σημαίες. Τα πολεμικά σκάφη και οι καταδρομείς των δύο χωρών αποχώρησαν από τις βραχονησίδες το πρωί της 31ης Ιανουαρίου 1996 υπό την επίβλεψη αεροσκαφών του 6ου αμερικανικού στόλου της Μεσογείου.