Το κάπνισμα δημιουργεί μόνιμες ζημιές και στις κυψελίδες των πνευμόνων. Έτσι, όσοι καπνίζουν για μεγάλο χρονικό διάστημα, είναι πιο πιθανό να αναπτύξουν χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια (ΧΑΠ), όπως χρόνια βρογχίτιδα ή εμφύσημα.
Ενώ μερικές από τις φλεγμονές που προκαλούνται μπορεί να είναι αναστρέψιμες, τα σημάδια στους πνεύμονες μένουν για πάντα. Συνεχίζοντας βέβαια το κάπνισμα, μειώνονται και οι όποιες πιθανότητες αναστροφής κάθε βλάβης στους πνεύμονες.
