Πολλές από τις αιτίες της νεφρικής νόσου που οδηγεί σε πόνο στα νεφρά οφείλονται σε υποκείμενες παθήσεις που μπορούν να έχουν οξεία ή χρόνια επίδραση στη νεφρική λειτουργία.
Κάποια άτομα μπορεί να γεννηθούν με μια ανωμαλία που είναι γενετικά καθορισμένη να επηρεάζει τα νεφρά.