Την ηγεσία της Ατλέτικο ανέλαβε το 2011 και τον Μάρτιο του 2015 ανανέωσε το συμβόλαιό του μέχρι το 2020, αλλά στη συνέχεια έκανε γνωστό ότι συμφώνησε με τον σύλλογο να το συντομεύσει χρονικά κατά δύο χρόνια.
Μετά την ήττα στον τελικό του Champions League από την Ρεάλ Μαδρίτης τον Μάιο του 2016, την οποία χαρακτηρίζει στη συνέντευξή του ως τη χειρότερη στιγμή της θητείας του, προκλήθηκε θέμα με μια πιθανή αποχώρησή του από τον πάγκο της Ατλέτικο. Αρκετά μέσα μαζικής ενημέρωσης μάλιστα, είχαν τότε γράψει ότι βρισκόταν κοντά στην Παρί Σεν Ζερμέν, την Άρσεναλ ή την Ίντερ.
«Αν ο σύλλογος θέλει να υπολογίζει σε εμάς και κάνει τις προσπάθειες που πρέπει γι΄ αυτό (…) κατά πάσα πιθανότητα θα συνεχίσουμε μαζί», επισήμανε ο Αργεντινός παλιός διεθνής ποδοσφαιριστής.
Η πρωταθλήτρια Ισπανίας το 2014 με τον «Cholo» στην τεχνική ηγεσία, αντιμετωπίζει αρκετά αγωνιστικά προβλήματα φέτος και κατέχει μέχρι στιγμής την 6η θέση στο πρωτάθλημα. Το επόμενο παιχνίδι της είναι προγραμματισμένο για τις 7 Ιανουαρίου κόντρα στη Εϊμπάρ.