Πέθανε το βράδυ της Κυριακής σε ηλικία 63 ετών. Η κηδεία του Αλέξανδρου Βέλιου, ο οποίος έπασχε από καρκίνο, θα γίνει την Τρίτη 6 Σεπτεμβρίου 2016 στις 15:00 το απόγευμα στο Α΄ νεκροταφείο της Αθήνας και θα ψαλεί νεκρώσιμη ακολουθία στην εκκλησία των Αγίων Θεοδώρων, που βρίσκεται στο χώρο του νεκροταφείου.
Ένθερμος υποστηρικτής των ελευθεριών και των δικαιωμάτων του ανθρώπου και υπέρμαχος της ευθανασίας ο Αλέξανδρος Βέλιος άφησε πριν πεθάνει δύο επιστολές. Στη μία δίνει οδηγίες για τη κηδεία του και στην άλλη αναφέρει στον επίλογο:«Έζησα δημιουργικά και, εν πολλοίς, ασυμβίβαστα. Φεύγω πλήρης».
«Θλίψη προκαλεί η απώλεια του συναδέλφου Αλέξανδρου Βέλιου. Διακρίθηκε για τη μαχητικότητά του, τον ασυμβίβαστο και, πολλές φορές, αιρετικό λόγο του. Αρθρογραφούσε με γνώμονα τη δημιουργικότητα και την αξιοπρέπεια, ενώ σημαντική ήταν και η συγγραφική του παρουσία. Εκφράζουμε τα ειλικρινή μας συλλυπητήρια στους οικείους του», τονίζει σε ανακοίνωσή της η ΝΔ.