Σε ανακοίνωσή του το υπουργείο Παιδείας, τονίζει πως η νομική υπηρεσία της Εκκλησίας της Ελλάδος γνωρίζει πολύ καλά ότι κάθε Προεδρικό Διάταγμα πριν υπογραφεί από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας και τεθεί σε ισχύ, υφίσταται έλεγχο νομιμότητας -και, φυσικά, αντισυνταγματικότητας- από το ΣτΕ.
«Το Π.Δ. για τον Οργανισμό του ΥΠΠΕΘ αποτέλεσε αντικείμενο εκτενούς και δημόσιας συζήτησης επί μακρό χρονικό διάστημα κατά το οποίο η Εκκλησία της Ελλάδος ουδέποτε εξέφρασε κάποια επιφύλαξη ούτε ζήτησε κάποια ενημέρωση.
Ο τρόπος εσωτερικής οργάνωσης του υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων είναι αποκλειστικό ζήτημα της Πολιτείας, πάντοτε μέσα στα όρια που θέτει το Σύνταγμα και οι νόμοι. Πάντως, οι αρμοδιότητες του νέου Οργανισμού του ΥΠΠΕΘ που αφορούν θέματα της Εκκλησίας της Ελλάδος είναι ακριβώς οι ίδιες με τις αρμοδιότητες που προέβλεπε ο προηγούμενος Οργανισμός του ΥΠΠΕΘ που είχε θεσμοθετηθεί επί κυβερνήσεως Α.Σαμαρά (ΠΔ 114/2014)» αναφέρει το υπουργείο και υπογραμμίζει : «Προκύπτει, λοιπόν, το εύλογο ερώτημα γιατί καταγράφεται τώρα αντίδραση;»
«Εάν η Εκκλησία της Ελλάδος είχε ζητήσει ενημέρωση εγκαίρως από το ΥΠΠΕΘ, για όποια θέματα επιθυμούσε, είναι βέβαιο ότι μέσω του διαλόγου θα είχαν διευκρινισθεί όλα αυτά τα θέματα χωρίς πράξεις και κινήσεις που μπορεί να διακυβεύσουν τις σχέσεις συνεργασίας μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας. Το ΥΠΠΕΘ σέβεται πάντοτε την αρχή των διακριτών ρόλων και υπενθυμίζει ότι το γενικότερο σύστημα που διέπει τις σχέσεις Πολιτείας και Εκκλησίας ορίζεται από το Σύνταγμα σύμφωνα με το οποίο «θεμέλιο του Πολιτεύματος είναι η λαϊκή κυριαρχία» καταλήγει το υπουργείο στην απάντησή του.
