Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει οι νησιωτικοί δήμου ζητώντας την ακύρωση των υπουργικών αποφάσεων με τις οποίες ανεστάλη η λειτουργία των επίμαχων Δ.Ο.Υ. Το 2010 με αποφάσεις του υπουργού Οικονομικών ανεστάλη η λειτουργία των Δ.Ο.Υ.: α) Αγίου Κηρύκου Ικαρίας (και Φούρνων) και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Σάμου, β) Λήμνου (και Αγίου Ευστρατίου) και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Μυτιλήνης, γ) Κέας και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Κορωπίου και δ) Μήλου Κυκλάδων και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Γ΄ Πειραιά.
Το Γ΄ Τμήμα του ΣτΕ απέρριψε όλες τις προσφυγές των εν λόγω Δήμων, με το σκεπτικό ότι το άρθρο 101 του Συντάγματος δεν απευθύνει επιταγή στον κοινό νομοθέτη ή στην κανονιστικώς δρώσα διοίκηση για την σύσταση και διατήρηση Δ.Ο.Υ. σε κάθε νησί και ως εκ τούτου δεν αποκλείεται η διοίκηση συνεκτιμώντας το γενικότερο δημόσιο συμφέρον, να προβή στη συνένωση των Δ.Ο.Υ ορισμένων νησιών με τις Δ.Ο.Υ. γειτονικών νησιών ή ηπειρωτικών περιοχών. Επιπλέον, το Συμβούλιο της Επικρατείας έκρινε ότι ο υπουργός Οικονομικών για την αναστολή των επίμαχων Δ.Ο.Υ. έλαβε υπόψη του το πόρισμα της επιτροπής για την αναδιοργάνωση των φορολογικών περιφερειακών υπηρεσιών (Μάιος 2011) και το εθνικό υπηρεσιακό πρόγραμμα καταπολέμησης της φοροδιαφυγής 2011-2013 που προβλέπει ότι θα διατηρηθεί μια μόνο Δ.Ο.Υ. στην πρωτεύουσα κάθε νομού.
Επιπλέον, το ΣτΕ έκρινε ότι σύμβουλοι Επικρατείας ότι με την αναστολή λειτουργίας των Δ.Ο.Υ. «δεν καθιστά ιδιαιτέρως δυσχερή την εξυπηρέτηση των πολιτών», πολύ περισσότερο όταν υπάρχει το ΤΑΧΙS και τα ΚΕΠΕ.
Την ίδια στιγμή, το Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο έκρινε ότι η αναστολή λειτουργίας των εν λόγω Δ.Ο.Υ. πραγματοποιήθηκε στο πλαίσιο «ευρύτερης αναδιοργάνωσης των υπηρεσιών του υπουργείου Οικονομικών και ειδικότερα της φορολογικής διοίκησης, της οποίας πρωταρχικός στόχος είναι η δημιουργία ισχυρού και αποτελεσματικού ελεγκτικού και εισπρακτικού μηχανισμού, που θα συμβάλει αποφασιστικά στην καταπολέμηση της φοροδιαφυγής, της παραοικονομίας και της διαφθοράς, καθώς και στην ελαχιστοποίηση του διοικητικού κόστους», αλλά και «στην αύξηση των εσόδων του κρατικού προϋπολογισμού και στην μείωση των ελλειμμάτων και του δημοσίου χρέους».
