Στην επιστολή παραίτησής του ο Φλιν παραδέχθηκε ότι «δυστυχώς, εξαιτίας του γρήγορου ρυθμού που τρέχουν τα γεγονότα, άθελά μου έδωσα στον εκλεγμένο αντιπρόεδρο και σε άλλους ελλιπείς πληροφορίες σχετικά με τις τηλεφωνικές μου συνομιλίες με τον Ρώσο πρεσβευτή. Έχω ζητήσει ειλικρινά συγγνώμη από τον πρόεδρο και τον αντιπρόεδρο και την έχουν δεχθεί».
Την εποχή που η κυβέρνηση του πρώην προέδρου Μπαράκ Ομπάμα ζητούσε στα τέλη Δεκεμβρίου την επιβολή κυρώσεων εις βάρος της Ρωσίας εξαιτίας της φερόμενης επέμβασής της στις προεδρικές εκλογές, ο Φλιν διαβεβαίωνε τον Ρώσο πρεσβευτή Σεργκέι Κίσλιακ ότι ο εκλεγμένος πρόεδρος Τραμπ θα είναι πολύ πιο επιεικής απέναντι στη χώρα του.
Σύμφωνα με τις εφημερίδες Washington Post και New York Times, που έκαναν αυτές τις αποκαλύψεις την Παρασκευή, αυτές οι συζητήσεις ενδέχεται να είναι παράνομες. Σύμφωνα πάντα με τον αμερικανικό Τύπο, το υπουργείο Δικαιοσύνης προειδοποίησε τον Λευκό Οίκο ότι το λάθος αυτό του Φλιν ενδέχεται να τον καταστήσει ευάλωτο σε μια απόπειρα εκβιασμού από την πλευρά της Ρωσίας.
Η αποχώρηση του Φλιν επιφέρει ένα πλήγμα στην προεδρία Τραμπ, η οποία μετρά μόλις 24 ημέρες, αλλά έχει ήδη κηλιδωθεί από εσωτερικά δράματα και αντιπαραθέσεις. Η αποχώρηση του Φλιν ενδέχεται επίσης να καθυστερήσει τις προσπάθειες του Αμερικανού προέδρου να αναθερμάνει τις σχέσεις του με τον Ρώσο ομόλογό του Βλαντίμιρ Πούτιν.
«Ο πρόεδρος εκτιμά την κατάσταση, μιλά με τον αντιπρόεδρο (…) και άλλους», είχε δηλώσει λίγες ώρες πριν την ανακοίνωση της παραίτησης Φλιν ο εκπρόσωπος του Λευκού Οίκου Σον Σπάισερ. Όταν ρωτήθηκε αν ο Τραμπ είχε ενημερωθεί για τις συνομιλίες αυτές, ο Σπάισερ απάντησε: «Κατηγορηματικά όχι».
Ο Φλιν είχε τονίσει στον Πενς ότι δεν συζήτησε τον θέμα των κυρώσεων εις βάρος της Ρωσίας με τον Κίσλιακ, όμως απομαγνητοφωνημένα αποσπάσματα των συνομιλιών τους έδειξαν ότι το θέμα αναφέρθηκε. Πάντως ένας Αμερικανός αξιωματούχος περιγράφοντας τις συνομιλίες είπε ότι ο Φλιν δεν έδωσε υποσχέσεις σχετικά με μια ενδεχόμενη άρση των κυρώσεων. Παρ΄όλα αυτά ο Φλιν πρόσθεσε ότι οι κυρώσεις που επέβαλε η κυβέρνηση Ομπάμα «δεν θα συνεχιστούν απαραιτήτως από μια κυβέρνηση που επιθυμεί να βελτιώσει τις σχέσεις μεταξύ των ΗΠΑ και της Ρωσίας», σύμφωνα με τον ίδιο αξιωματούχο.
Ο Φλιν, ένας αντιστράτηγος εν αποστρατεία, υποστήριζε από νωρίς τον Τραμπ και την άποψή του ότι πρέπει να αλλάξει το κατεστημένο στην Ουάσινγκτον. Συχνά είχε προκαλέσει έκπληξη σε παλαίμαχους της εξωτερικής πολιτικής εξαιτίας των προσπαθειών του να πείσει τον Αμερικανό πρόεδρο να αναθερμάνει τις σχέσεις των ΗΠΑ με τη Ρωσία.
Ένας Αμερικανός αξιωματούχος εκτίμησε ότι η αποχώρηση του Φλιν, σε συνδυασμό με τη ρωσική επιθετικότητα στην Ουκρανία και τη Συρία και η αντίθεση των Ρεπουμπλικάνων στο Κογκρέσο για την άρση των κυρώσεων εις βάρος της Μόσχας, στερεί από τον Τραμπ έναν από τους πιο ένθερμους υποστηρικτές της υιοθέτησης μιας πιο χαλαρής γραμμής απέναντι στον Πούτιν. Η αποχώρηση του Φλιν «ενδέχεται να κάνει λιγότερο πιθανή μια σημαντική αλλαγή πορείας, τουλάχιστον προς το παρόν», εξήγησε.
Ένας άλλος αξιωματούχος επεσήμανε ότι η αποχώρηση του Φλιν ενδέχεται να ενισχύσει την εξουσία κάποιων υπουργών, όπως του υπουργού Άμυνας Τζιμ Ματίς και του υπουργού Εξωτερικών Ρεξ Τίλερσον.