Όταν ο Ιωάννης Καποδίστριας εκλήθη να αναλάβει τη διακυβέρνηση της ρημαγμένης από την επανάσταση Ελλάδας, έθεσε ως βασική του προτεραιότητα την εκπαίδευση. Το μέγιστο ποσοστό των Ελλήνων τότε ήταν αναλφάβητο και ο νέος κυβερνήτης, δίχως καθόλου πόρους στη διάθεση του, προσπάθησε να εφαρμόσει ένα ευρύτατο πρόγραμμα που είχε στόχο να μάθει στα ελληνόπουλα τουλάχιστον να διαβάζουν.
Ίδρυσε αμέσως τέσσερα δημοτικά σχολεία (Ναύπλιο, Αθήνα, Ύδρα, Σύρο), ένα οικοτροφείο-ορφανοτροφείο στην Αίγινα, ενώ προσπάθησε να ξαναλειτουργήσει σχολεία που υπήρχαν πριν την επανάσταση και είχαν εγκαταλειφθεί λόγω του αγώνα. Η οικονομική συνταγή για την χρηματοδότηση του εγχειρήματος ήταν πολύ απλή: Το κράτος πλήρωνε ένα εξευτελιστικά μικρό μισθό στον δάσκαλο, ενώ οι τοπικές κοινότητες έπρεπε να καλύπτουν τα έξοδα του σχολείου τους, αλλά και να εξασφαλίζουν δωρεάν στέγη και φαγητό για τον δάσκαλο. Στην πραγματικότητα, οι λίγοι εύποροι κάτοικοι κάθε κοινότητας, εκ περιτροπής τάιζαν τον δάσκαλο με το φαγητό που είχαν στο σπίτι τους.
Περιττό να πούμε ότι στην Ελλάδα τότε υπήρχαν ελάχιστοι μορφωμένοι άνθρωποι ενώ ακόμα πιο λίγοι δέχονταν να απασχοληθούν ως δάσκαλοι. Προτιμούσαν άλλες δραστηριότητες που ήταν πιο αποδοτικές από το δασκαλίκι σ’ έναν μακρινό τόπο. Όμως χρόνο με τον χρόνο τα σχολεία αυξάνονταν και τα παιδιά μέσα σ’ αυτά πολλαπλασιάζονταν. Γι αυτό ο Καποδίστριας αλλά και οι Βαυαροί μετά απ’ αυτόν, υιοθέτησαν την περίφημη αλληλοδιδακτική μέθοδο.
Σύμφωνα μ’ αυτήν, οι μεγαλύτεροι και καλύτεροι μαθητές, οι πρωτόσχολοι, αναλάμβαναν ένα μέρος της εκπαίδευσης των μικρότερων μαθητών, υπό την καθοδήγηση του δασκάλου. Μ’ αυτό τον τρόπο, ένας δάσκαλος μπορούσε να λειτουργεί ένα ολόκληρο σχολείο με εκατοντάδες μαθητές, αφού στην πραγματικότητα χρησιμοποιούσε όσους βοηθούς χρειαζόταν.
Η αλληλοδιδακτική μέθοδος που ονομαζόταν μέθοδος Μπελ και Λάνκαστερ ή απλώς Λανκαστριανή, είχε ήδη εφαρμοστεί ευρύτατα στην Ευρώπη, εκεί όπου υπήρχαν μεγάλες συγκεντρώσεις πληθυσμού δίχως εκπαιδευτικές υποδομές και επαρκή αριθμό δασκάλων. Στην Αγγλία τον καιρό της βιομηχανικής επανάστασης, στη Γερμανία, στη Γαλλία και σε όλες τις αποικίες τους, η Λαγκαστριανή χρησιμοποιούνταν ευρύτατα.
Ήταν επιστημονικά μελετημένη μέθοδος και διέθετε λεπτομερειακά εγχειρίδια για τον τρόπο που έπρεπε να εφαρμόζεται. Βέβαια στην μετεπαναστατική Ελλάδα κανείς δε μπορεί να ισχυριστεί ότι όλα λειτουργούσαν με βάση τα ευρωπαϊκά επιστημονικά εγχειρίδια, όμως η βασική της ιδέα εφαρμοζόταν. Ήταν ένας αποτελεσματικός τρόπος να μαθαίνουν τα παιδιά γράμματα και αριθμητική. Μέχρι το 1840, λειτουργούσαν στη χώρα πάνω από 80 αλληλοδιδακτικά σχολεία.
Και τότε, ξέσπασε ένας φοβερός πόλεμος γι αυτό τον θεσμό που ήταν ευεργετικός για την αγράμματη φτωχολογιά. Το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως αλλά και η Ιερά Σύνοδος της αυτοκέφαλης Ελληνικής εκκλησίας, καταδίκασαν με επίσημες εγκυκλίους τους την λειτουργία των αλληλοδιδακτικών σχολείων και κάλεσαν το ελληνικό κράτος να τα κλείσει. Σύμφωνα με την εκκλησία, η αλληλοδιδακτική μέθοδος ήταν εφεύρεση των δυτικών Λουθηροκαλβίνων, που είχε σκοπό να μετατρέψει τα ελληνικά σχολεία σε φυτώρια άθεων.
Ούτως ή άλλως η εκκλησία διαφωνούσε με την ανάπτυξη της τεχνολογικής εκπαίδευσης, προτάσσοντας μια χριστιανική εκπαίδευση που θα παρείχε πρωτίστως θεοκρατική γνώση. Πάντα έβλεπε με καχυποψία τα μαθηματικά, τη φυσική ή τη χημεία, θεωρώντας ότι εμπεριείχαν επικίνδυνες ιδέες για τον άνθρωπο.
Η διαφωνία της επίσημης εκκλησίας στην αλληλοδιδακτική μέθοδο, πήγαινε πολύ βαθύτερα, μέσα στον πυρήνα της εκπαιδευτικής διαδικασίας. Κατά την άποψη των παπάδων, πρωτεύουσα αποστολή του σχολείου δεν ήταν να διδάσκει γράμματα, αλλά πειθαρχία και υπακοή. Η γνώση σ’ ένα απείθαρχο και φιλελεύθερο μυαλό ήταν επικίνδυνο πράγμα. Δουλειά του δασκάλου ήταν πρώτα να βάλει τους μαθητές σ’ ένα συγκεκριμένο εθνικό, θρησκευτικό και ιδεολογικό καλούπι, ενώ η χορήγηση των γνώσεων που θα το υπηρετούσαν ακολουθούσε την διαμόρφωση του χαρακτήρα και των ιδεών του.
Αλλιώς το σχολείο θα παρήγαγε μορφωμένους άθεους και αναρχικούς, δηλαδή επικίνδυνους ανθρώπους. Οι πρωτόσχολοι βέβαια δε μπορούσαν να υπηρετήσουν αυτό το μοντέλο, οπότε η επίσημη εκκλησία προτιμούσε να αφήνει τα παιδιά αναλφάβητα, παρά να μαθαίνουν ‘’επικίνδυνα’’ γράμματα.
Όσο κι αν φαίνεται απίστευτη αυτή η άποψη, η εκκλησία σιγά-σιγά την επέβαλε. Η τεχνολογική εκπαίδευση πήγε πίσω, κυριάρχησε ο σχολαστικισμός και η θεοκρατία, ενώ τα αλληλοδιδακτικά σχολεία με γρήγορους ρυθμούς εγκαταλείφθηκαν. Στο μεταξύ αυξήθηκε και ο αριθμός των κανονικών δασκάλων, οπότε γύρω στο 1860 τα σχολεία αυτά έπαψαν να υπάρχουν.