Πολλοί θεωρούσαν ότι ο Νίκος Φίλης δεν θα έμενε εκτός υπουργικού συμβουλίου γιατί αυτό θα εκλαμβάνονταν ως υπαναχώρηση της κυβέρνησης έναντι της Εκκλησίας. Επιπλέον, ο πρώην υπουργός είχε βγει ενισχυμένος από το πρόσφατο συνέδριο του ΣΥΡΙΖΑ, με το κόμμα να επικροτεί τους χειρισμούς που έκανε στο ζήτημα των θρησκευτικών και της Εκκλησίας γενικότερα.
Όμως ο πρωθυπουργός είχε αποφασίσει να τον μετακινήσει από το υπουργείο Παιδείας. Λέγεται πως του προσέφερε άλλες κυβερνητικές θέσεις αλλά ο Νίκος Φίλης ήταν αμετάπειστος: ή υπουργός Παιδείας ή βουλευτής.
Σύμφωνα με τον Ελεύθερο Τύπο, ο πρωθυπουργός τηλεφώνησε στον Νίκο Φίλη, που την Παρασκευή βρισκόταν στα Χανιά, για να τον ενημερώσει πως είχε αποφασίσει να τον πάρει από το υπουργείο Παιδείας και να τον μετακινήσει στο υπουργείο Εσωτερικών. Αλλά ο Νίκος Φίλης αρνήθηκε, με τον Αλέξη Τσίπρα να αντιπροτείνει το υπουργείο Πολιτισμού, το οποίο αρνήθηκε επίσης ο πρώην υπουργός.
«Νίκο σε παρακαλώ, είναι και θέμα βιωσιμότητας της κυβέρνησης, έχει βάλει βέτο ο Καμμένος» φέρεται να είπε ο κ. Τσίπρας στον κ. Φίλη, με τον τελευταίο να απαντά: «Είμαι ένας πετυχημένος υπουργός. Δίνεις σήμα ότι κάνουμε πίσω στην εκκλησία», σύμφωνα με ρεπορτάζ του Ελεύθερου Τύπου.
Ο πρωθυπουργός πρότεινε στον Νίκο Φίλη και τη θέση του υπουργού Εργασίας, αλλά και πάλι εισέπραξε αρνητική απάντηση. Η θέση του ήταν ξεκάθαρη: ή θα έμενε στο υπουργείο Παιδείας ή θα έμενε απλός βουλευτής.
«Πρέπει να παραμείνεις στην κυβέρνηση αλλά δεν μπορώ να σε κρατήσω στο υπουργείο Παιδείας. Πρέπει να κλείσουμε το μέτωπο με την Εκκλησία σε αυτήν την φάση και δεν υπάρχει άλλος δρόμος», είπε, σύμφωνα με τον Ελεύθερο Τύπο ο πρωθυπουργός στον Νίκο Φίλη. Και εκείνος φέρεται να του απάντησε: «με εμφανίζεις ως αποτυχημένο υπουργό με αυτή σου την κίνηση και δείχνεις ότι η κυβέρνηση κάνει πίσω στα αιτήματα της Εκκλησίας. Λυπάμαι δεν μπορώ παρά να παραμείνω βουλευτής αν δεν είμαι στο υπουργείο Παιδείας».
Σύμφωνα με δημοσίευμα της εφημερίδας Αγορά, ο Νίκος Φίλης υποστήριξε ότι το θέμα που άνοιξε με την Εκκλησία και τον Αρχιεπίσκοπο «δεν είναι προσωπικό, αλλά αφορά στη συλλογική αξιοπρέπεια της Αριστεράς».