Την απόσυρση της διάταξης έκανε ο υπουργός Παιδείας, Κώστας Γαβρόγλου, μετά και την παρέβαση που είχε κάνει νωρίτερα ο πρόεδρος της Νέας Δημοκρατίας, Κυριάκος Μητσοτάκης, λεγοντάς του ότι «έχω μια σοβαρή επιφύλαξη -που θέλω να την εξετάσετε- στο ζήτημα της χρηματοδότησης του τεμένους καθώς όπως είναι διατυπωμένη η διάταξη επιτρέπει σε νομικά πρόσωπα από την αλλοδαπή να χρηματοδοτήσουν αυτό το νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου. Και εδώ θα πρέπει να είμαστε απολύτως σίγουροι ότι διασφαλίζουμε την πηγή χρηματοδότησης και την προέλευση αυτών των πόρων. Δεν χρειάζεται να επεκταθώ περισσότερο, κύριε Υπουργέ. Νομίζω ότι καταλαβαίνετε ακριβώς τι εννοώ. Για αυτό θα σας ζητούσα να αποσύρετε τη σχετική διάταξη περί χρηματοδότησης, να την επαναφέρετε, να την συζητήσουμε ξανά ή εν πάση περιπτώσει να την τροποποιήσετε με τέτοιο τρόπο, ώστε να υπάρχει απόλυτη εξασφάλιση ότι ο κρατικός έλεγχος, ο οποίος είναι απαραίτητος σε αυτήν τη δομή, θα επεκτείνεται και στον έλεγχο των πηγών χρηματοδότησης του Τεμένους».
Ο υπουργός Παιδείας, Κώστας Γαβρόγλου, όπως αμέσως δήλωσε ειλικρινή την επιχειρηματολογία του Κυριάκου Μητσοτάκη και προς την σωστή κατεύθυνση. Και, λίγο αργότερα, δήλωσε από το βήμα της Βουλής πως αποσύρει την επίμαχο παράγραφο του άρθρου 5 του νομοσχεδίου. Δήλωσε μάλιστα ότι σε ό,τι αφορά τη χρηματοδότηση του τεμένους παραμένει να ισχύουν όσα προβλέπονται από το νόμο Γιαννάκου και κάλεσε τα κόμματα να εξετάσουν το θέμα και να καταλήξουν σε μια ρύθμιση που από κοινού θα έρθει στη Βουλή για ψήφιση.
Κύκλοι της ΝΔ, μετά την ανακοίνωση της απόσυρσης της διάταξης από τον υπουργό Παιδείας μίλησαν για μια καταλυτική παρέμβαση του προέδρου του κόμματος, Κυριάκου Μητσοτάκη.