Γεννημένος στην Αθήνα το 1952, ο Στέφανος Μανίκας καταγόταν από το Βασιλικό Κορινθίας.
Σπούδασε οδοντιατρική στο Πανεπιστήμιο της Αθήνας. Στα φοιτητικά του χρόνια γνωρίστηκε με τον Κώστα Λαλιώτη και τον Δημήτρη Ρέππα. Είχε ενεργό συμμετοχή στο φοιτητικό κίνημα κατά της δικτατορίας. Μετά την αποκατάσταση της Δημοκρατίας εκλέχθηκε πρόεδρος του Συλλόγου Φοιτητών Οδοντιατρικής.
Διαδέχτηκε τον Στέφανο Τζουμάκα στη θέση του γραμματέα του ΠΑΣΟΚ από το 1978 έως το 1984 και ήταν ο μακροβιότερος γραμματέας στην ιστορία της οργάνωσης.
Από το 1985 ως το 1986 ήταν γενικός γραμματέας Νέας Γενιάς στην κυβέρνηση Ανδρέα Παπανδρέου, ενώ υπήρξε και γραμματέας Οργανωτικής Πολιτικής το 1989 και γραμματέας Επιστημόνων του Κινήματος από το 1990 ως το 1994.
Το 1994 ίδρυσε τον ΟΚΑΝΑ, του οποίου υπήρξε ο πρώτος πρόεδρος, μέχρι το 1996.
Εκλέχθηκε βουλευτής Επικρατείας του ΠΑΣΟΚ το 1996 και βουλευτής Α’ Αθηνών το 2000. Διετέλεσε υπουργός Επικρατείας στην κυβέρνηση του Κώστα Σημίτη από το 2001 ως το 2003.
Στις ευρωεκλογές του 2014 συμπαρατάχθηκε με τη ΔΗΜΑΡ του Φώτη Κουβέλη.
Ο πρόεδρος της ΔΗΜΑΡ Θανάσης Θεοχαρόπουλος δήλωσε για το θάνατο του Στέφανου Μανίκα:
“Η ΔΗΜΑΡ αποχαιρετά με οδύνη σήμερα τον σύντροφο Στέφανο Μανίκα. Πάλεψε με γενναιότητα, κουράγιο και αξιοπρέπεια την περιπέτεια στην υγεία του. Ο Στέφανος Μανίκας ο οποίος τα τελευταία χρόνια είχε σταθερή και πολύτιμη συνεργασία με το κόμμα μας αποτελεί μια εμβληματική φυσιογνωμία της σοσιαλδημοκρατίας. Η μακρά διαδρομή του στο ΠΑΣΟΚ, η συνεργασία του με τη ΔΗΜΑΡ ήταν ενταγμένη στην μεγάλη ιδέα της σύγκλισης των δυνάμεων του ευρύτερου σοσιαλιστικού χώρου, της ανανεωτικής αριστεράς και της πολιτικής οικολογίας. Οι ιδέες του, οι ανησυχίες του και οι αγώνες του αποτελούν μεγάλη παρακαταθήκη στον προοδευτικό κόσμο“.