Ο κ. Μαρκογιαννάκης κατηγορείται για ηθική αυτουργία σε παράβαση καθήκοντος (κατηγορία σε βαθμό πλημμελήματος), αφού εμφανίζεται να είχε παρέμβει στη διοίκηση της Γαλακτοκομικής Σχολής Ιωαννίνων, ώστε να αποφύγουν την βαριά τιμωρία Κρητικοί φοιτητές, οι οποίοι επίσης φέρονται να εμπλέκονται στην υπόθεση Γιακουμάκη.
Η δίωξη κατά του Χρήστου Μαρκογιαννάκη είχε αρχικώς ασκηθεί από τον εισαγγελέα Πλημμελειοδικών Ιωαννίνων, ενώ την παραπομπή του είχε αποφασίσει τον περασμένο Μάρτιο το Συμβούλιο Εφετών Ιωαννίνων. Ωστόσο κατά της απόφασης αυτής είχε ασκήσει αίτηση αναίρεσης ο αντεισαγγελέας του Αρείου Πάγου Δημήτρης Δασούλας. Σύμφωνα με πληροφορίες ο Άρειος Πάγος απέρριψε την αίτησή του παραπέμποντας οριστικά τον Μαρκογιαννάκη σε δίκη.
Ο Χρήστος Μαρκογιαννάκης με επιστολή του, το φθινόπωρο του 2015 οπότε του είχε ασκηθεί η δίωξη ισχυριζόταν ότι επρόκειτο για «μια απίστευτα προκλητική και βάναυση κακοποίηση του αποδεικτικού υλικού της σχετικής δικογραφίας, που ακόμη και ο χαρακτηρισμός της ως ‘’κατάχρησης εξουσίας’’ είναι επιεικής».