Τα κύρια αίτια που προκαλούν τη φλεγμονή είναι οι μύκητες. Ο βασικότερος μύκητας είναι ο μύκητας Candida Albicans. Η ύπαρξη μη ισχυρού ανοσοποιητικού συστήματος υποβοηθά την ανάπτυξη μυκητίασης στο στόμα. Άτομα με ιστορικό σακχαρώδους διαβήτη είναι επιρρεπή σε άφθες στο στόμα.
