Η πιο κοινή αιτία για το έλκος στομάχου είναι το βακτήριο Helicobacter pylori, ή αλλιώς H. pylori. Έλκη μπορεί επίσης να προκληθούν από την υπερβολική χρήση παυσιπόνων, όπως η ασπιρίνη και μη-στεροειδή αντιφλεγμονωδών, όπως η ιβουπροφαίνη και η ναπροξένη.
Το έλκος στομάχου συχνά αντιμετωπίζεται με αντιβιοτικά και φάρμακα που μειώνουν, μπλοκάρουν, ή εξουδετερώνουν τα οξέα του στομάχου.