Αυτό το σύστημα εν γένει, καταστρέφεται από τον καπνό των τσιγάρων και έτσι μειώνεται η αποτελεσματικότητά του.
Εντούτοις, οι στατιστικές δείχνουν, ότι για τους ανθρώπους που έχουν κόψει το κάπνισμα μειώνεται ο κίνδυνος εμφάνισης καρκίνου του πνεύμονα.
Το κάπνισμα δημιουργεί μόνιμες ζημιές και στις κυψελίδες των πνευμόνων. Έτσι, όσοι καπνίζουν για μεγάλο χρονικό διάστημα, είναι πιο πιθανό να αναπτύξουν χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια (ΧΑΠ), όπως χρόνια βρογχίτιδα ή εμφύσημα.