Η εγκεφαλίτιδα μπορεί να προκαλέσει γριππώδη συμπτώματα, όπως πυρετό ή σοβαρή κεφαλαλγία (πονοκέφαλος). Μπορεί επίσης να προκαλέσει σύγχυση στην σκέψη και τη λήψη αποφάσεων, επιληπτικές κρίσεις, ή προβλήματα με τις αισθήσεις και την κίνηση.
Ωστόσο, σε πολλές περιπτώσεις η εγκεφαλίτιδα εκδηλώνεται μόνο με ήπια συμπτώματα που μοιάζουν με εκείνα της γρίπης ή ακόμα και χωρίς καθόλου συμπτώματα.