Αυτό γίνεται με την προσθήκη “σπόρων” κεφίρ στο γάλα. Δεν πρόκειται ακριβώς για σπόρους, με τη συμβατική έννοια της λέξης. Είναι καλλιέργειες ζυμομυκητών και βακτηρίων γαλακτικού οξέος, που μοιάζουν με κομμάτι από κουνουπίδι στην εμφάνιση.
Για περίπου μία ημέρα αυτοί οι μικροοργανισμοί στους κόκκους κεφίρ πολλαπλασιάζονται και ζυμώνουν τα σάκχαρα στο γάλα. Αυτή διαδικασία μετατρέπει το γάλα σε κεφίρ. Στη συνέχεια, οι κόκκοι απομακρύνονται από το υγρό και μπορούν να χρησιμοποιηθούν ξανά.