Τροφική αλλεργία είναι μια αντίδραση του ανοσοποιητικού συστήματος. Προκαλείται όταν το σώμα λανθασμένα θεωρεί ότι κάποιο συστατικό στα τρόφιμα (συνήθως μια πρωτεΐνη) είναι επιβλαβές και δημιουργεί ένα αμυντικό σύστημα (αντισώματα) για να το καταπολεμήσει.
Η τροφική δυσανεξία είναι μια αντίδραση του πεπτικού συστήματος και όχι του ανοσοποιητικού συστήματος. Εμφανίζεται όταν κάτι στα τρόφιμα ερεθίζει το πεπτικό σύστημα ενός ατόμου ή όταν ένα άτομο δεν είναι σε θέση να αφομοιώσει σωστά ή να διασπάσει την τροφή στο στομάχι και το έντερο.
