Το Κέντρο θα συντονίζει τη δράση των αρμοδίων ελληνικών αρχών στα εξωτερικά σύνορα και την εφαρμογή των κοινών κανόνων στο πλαίσιο του Ευρωπαϊκού Συστήματος Επιτήρησης των Συνόρων.
Για τη δημιουργία του Κέντρου υπήρξε δέσμευση μέσα στο σχέδιο δράσης «Ελλάδα-Σέγκεν», το οποίο υπέβαλε η Ελλάδα στην Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Επικεφαλής του Εθνικού Συντονιστικού Κέντρου ορίζεται ο υποναύαρχος Δημήτριος Μπαντιάς, γενικός επιθεωρητής του Λιμενικού Σώματος – Ελληνική Ακτοφυλακή και θα στελεχώνεται από ανώτατους και ανώτερους αξιωματικούς της Ελληνικής Αστυνομίας και του Λιμενικού Σώματος – Ελληνική Ακτοφυλακή.
Το Εθνικό Συντονιστικό Κέντρο θα εποπτεύει την εφαρμογή των κοινοτικών και εθνικών μέτρων σχετικά με τη διαχείριση των εξωτερικών συνόρων και του συντονισμού της συνεργασίας με τις συναρμόδιες εθνικές αρχές, με τα θεσμικά όργανα της ΕΕ, τις αρμόδιες αρχές τρίτων χωρών και τους διεθνείς οργανισμούς, που είναι υπεύθυνοι για τη διαχείριση των συνόρων.
Έχει, ήδη, ανατεθεί στο Κέντρο Μελετών Ασφάλειας (ΚΕΜΕΑ) του υπουργείου Προστασίας του Πολίτη η μελέτη για τον ακριβή προσδιορισμό των επιχειρησιακών και διοικητικών απαιτήσεων για την πλήρη λειτουργία του Εθνικού Συντονιστικού Κέντρου.
