Στις 18.1.2010 με απόφαση της αντινομάρχου Βοιωτίας διατάχθηκε η προσωρινή διακοπή λειτουργίας της ΕΑΒ, καθώς δεν έχει εφοδιαστεί με άδεια διαχειρίσεως επικίνδυνων αποβλήτων.
Η κ. Θεοφιλοπούλου διέταξε την προσωρινή αναστολή της απόφασης της αντινομάρχου Βοιωτίας υπό τον όρο της διενέργειας εβδομαδιαίων «δειγματοληψιών των υγρών αποβλήτων των κλάδων παραγωγής της ΕΑΒ προς τον τελικό αποδέκτη με μέριμνα της ιδίας, καθώς και της διενέργειας ανά μήνα όμοιων δειγματοληψιών από πιστοποιημένο φορέα (π.χ. Εθνικό Μετσόβειο Πολυτεχνείο)».
Η ΕΑΒ υποστηρίζει ότι η έλλειψη της άδειας διαχείρισης επικίνδυνων αποβλήτων οφείλεται στην διετή καθυστέρηση της αρμόδιας διεύθυνσης του υπουργείου Περιβάλλοντος να εκδώσει την τροποποίηση της εγκρίσεως περιβαλλοντικών όρων της ΕΑΒ.