Συγκεκριμένα, το Διοικητικό Δικαστήριο (υπ΄ αριθμ. 1490/2016 απόφαση) έκανε δεκτή την αίτηση της εταιρίας και ακύρωσε τους πρόσθετους φόρους που της επιβλήθηκαν, κρίνοντας ότι μη νομίμως εκδόθηκε από τον προϊστάμενο του ΚΕ.ΜΕ.ΕΠ. η πράξη επιβολής πρόσθετου φόρου.
Συγκεκριμένα στη δικαστική απόφαση αναφέρεται : «Το δικαστήριο, λαμβάνοντας υπόψη:
ΔΙΑΦΗΜΙΣΗ
α) ότι όπως αναφέρεται στην από 1-8-2014 έκθεση μερικού ελέγχου προσδιορισμού φόρου εισοδήματος του ελεγκτή του ΚΕ.ΜΕ.ΕΠ. στην προσφεύγουσα ανώνυμη εταιρία διενεργήθηκε φορολογικός έλεγχος από νόμιμους ελεγκτές, σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 5 του άρθρου 82 του ν. 2238/1994, για τη διαχειριστική περίοδο από 1-1-2011 έως 31-12-2011 και εκδόθηκε έκθεση φορολογικής συμμόρφωσης χωρίς επιφύλαξη για τα φορολογικά αντικείμενα που αναφέρονται στο προσάρτημα αναλυτικών πληροφοριακών στοιχείων, μεταξύ των οποίων και η φορολογία εισοδήματος,
β) ότι όπως ισχυρίζεται η προσφεύγουσα και δεν αμφισβητείται από τη Φορολογική Αρχή, μέχρι τις 30-4-2014, σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 2 και 5 του άρθρου 5 της Υ.Α. ΠΟΛ 1159/2011, δεν διενεργήθηκαν έλεγχοι στην επιχείρησή της με βάση τις διατάξεις των παρ. 1 και 4 του άρθρου αυτού και γ)ότι ενόψει αυτών, μετά την 30-4-2014 η χρήση 2011 θεωρείται περαιωμένη, σύμφωνα με τις διατάξεις της παρ. 1α του άρθρου 6 της ως άνω υπουργικής απόφασης και δυνατότητα άλλου ελέγχου υπάρχει μόνο σε περίπτωση στοιχείων ή ενδείξεων για παραβάσεις που ορίζονται στην παρ. 6 του άρθρου 5 της ανωτέρω υπουργικής απόφασης, είτε με βάση τις διατάξεις του άρθρου 80 του ν. 3842/2010 και με τη χρήση μεθόδων ανάλυσης κινδύνου, ωστόσο, εν προκειμένω, από τα στοιχεία του φακέλου δεν προκύπτει, ούτε, εξάλλου, η Φορολογική Αρχή επικαλείται ότι ο παρών έλεγχος διενεργήθηκε βάσει των διατάξεων αυτών, κρίνει ότι μη νομίμως διενεργήθηκε έλεγχος στην επιχείρηση της προσφεύγουσας δυνάμει της υπʼ αριθ. 168/6-5-2014 εντολής ελέγχου μετά τις 30-4-2014, ήτοι μετά την οριστικοποίηση των αποτελεσμάτων της χρήσης 2011, με βάση τις διατάξεις των άρθρων 66 του ν. 2238/1994, 23-25 και 66 του ν. 4174/2013 και των Α.Υ.Ο. ΠΟΛ. 1038/2012 και 1159/2011 και συνεπώς, μη νομίμως εκδόθηκε επί τη βάσει αυτού εις βάρος της προσφεύγουσας η υπʼ αριθ. 1962/25-8-2014 οριστική πράξη διορθωτικού προσδιορισμού φόρου εισοδήματος, τα δε αντίθετα υποστηριζόμενα από το Ελληνικό Δημόσιο, πρέπει να απορριφθούν.
Ειδικότερα, οι προαναφερόμενοι ισχυρισμοί του πρέπει να απορριφθούν ως αλυσιτελώς προβαλλόμενοι, αφενός μεν διότι αφορούν τη χρήση 2010 και αφετέρου διότι ο παρών έλεγχος δεν διενεργήθηκε μετά τις 30-4-2014 με βάση τις διατάξεις των παρ. 1 και 4 του άρθρου 5 της Υ.Α. ΠΟΛ 1159/2011, για τις οποίες ορίζεται η ανωτέρω αποκλειστική προθεσμία από τις παρ. 2 και 5 του άρθρου 5 της Υ.Α. ΠΟΛ 1159/2011».
