Τα κονδυλώματα εντοπίζονται κυρίως στα γεννητικά όργανα και τις περιοχές γύρω από αυτά, καθώς και στην περιοχή του δακτυλίου του πρωκτού και της μεσογλουτιαίας αύλακας. Πολύ σπάνιες είναι εξωγεννητικές θέσεις, όπως η στοματική κοιλότητα ή οι γωνίες των χειλιών.
