Διαρρέει τμήμα των νομών Φωκίδας, Βοιωτίας και Φθιώτιδας και αρδεύει μεγάλες πεδινές εκτάσεις αυτών των νομών. Η συνολική έκταση της λεκάνης απορροής του Κηφισού είναι 1875,9 τ.χλμ., ενώ αξίζει να σημειωθεί ότι ο Βοιωτικός Κηφισός είναι ενταγμένος δίκτυο Natura 2000, μαζί με τις λίμνες Υλίκη και Παραλίμνη.
Ένας «Θεός» με δύο πρόσωπα: Από τη μία, με τις πλούσιες πηγές του που βλέπετε στο βίντεο ότι τρέχουν ακόμα ακατάπαυστα εδώ και χιλιάδες χρόνια, άρδευε τα χωράφια από την αρχαιότητα προσφέρονται την απαραίτητη τροφή στους κατοίκους όλης της Βοιωτίας.
Από την άλλη, τα νερά του χύνονταν στην λίμνη Κωπαΐδα, (σήμερα αποξηραμένη), η οποία αποτελούσε πηγή πολλών ασθενειών και κυρίως ελονοσίας λόγω των βαλτωδών νερών της και της μεγάλης έκτασής της.
Το 1861, o διπλωμάτης Henri Belle, στο πέρασμα του, γράφει για την Κωπαΐδα «…Ο πυρετός αποδεκατίζει τον πληθυσμό. Στα τέσσερα παιδιά τα τρία πεθαίνουν από την ελονοσία. Οι πιο ωραίες επαρχίες του βασιλείου έχουν γίνει έτσι ακατοίκητες, από το μόλυσμα που ξεπήδησε από τις άγονες και τις πλημμυρισμένες ελώδεις εκτάσεις…». Και συνεχίζει ως εξής «μη ζητάτε να βρείτε σχολειά, στοιχειώδη παιδεία, θέληση για μάθηση. Η κατά καιρούς ελονοσία, πριν ακόμα σκοτώσει το κορμί, έχει σβήσει την ψυχή και η αναιμία του εγκέφαλου είναι η θλιβερή μοίρα αυτών που υποφέρουν από ελονοσία». Μας δίνει, επίσης, μια σημαντική πληροφορία για την πλημμυρά του 1848, όποτε τα νερά σε μια νύχτα ανέβηκαν πάνω από δέκα μετρά, ξεχείλισαν από την κοίτη του Κηφισού και της Ερκύνας και κύλησαν πέντε χιλιόμετρα μακρύτερα ως τα πρώτα σπίτια της Λιβαδειάς.
Πριν την αποξήρανση οι κάτοικοι γύρω από τη λίμνη ζούσαν σχεδόν πρωτόγονα. Καλλιεργούσαν τις λίγες εκτάσεις που υπήρχαν στις όχθες της λίμνης, αλλά η παραγωγή καταστρεφόταν πολλές χρονιές από τις πλημμύρες. Ακόμη ψάρευαν, κυνηγούσαν ή έβοσκαν γιδοπρόβατα, βόδια και γουρούνια.
Το νερό από τις πηγές που βλέπετε στο βίντεο εξετράπη με υπόγειες σήραγγες και η Κωπαϊδα αποξηράνθηκε. Με την αποξήρανση δόθηκαν μεγάλες εκτάσεις για εκχέρσωση και καλλιέργεια, πράγμα που άλλαξε και βελτίωσε τη ζωή του τόπου ριζικά.
Οι κύριες πηγές του Κηφισού βρίσκονται στους βόρειους πρόποδες του Παρνασσού ανάμεσα στα χωριά Πολύδροσος και Λιλαία. Στη συνέχεια ο ποταμός διαρρέει μία εύφορη κοιλάδα ανάμεσα στα όρη Καλλίδρομο και Παρνασσό. Στην περιοχή της Κωπαΐδας διακλαδίζεται σε κανάλια για την άρδευση του κάμπου. Το κύριο τμήμα του διαρρέει τη δυτική πλευρά της Κωπαΐδας και καταλήγει στην λίμνη Υλίκη.
