Τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο απασχολούσε σοβαρά το θέμα της στρατιωτικής άμυνας του Νησιού -ιδιαίτερα μετά τα γεγονότα του Δεκεμβρίου του 1963 και τις Τουρκικές απειλές –έτσι το Φεβρουάριο του 1964 αποφάσισε την ένταξη των υφισταμένων ενόπλων ομάδων κάτω από ένα κρατικό όργανο, την «Εθνική Φρουρά», και, με ειδικό Διάταγμα, καθόρισε τον τρόπο κατάταξης οπλιτών (που παρέμεινε σε εθελοντική βάση), τη διοίκηση και τον εξοπλισμό της.
Στην Αθήνα, μετά από επανειλημμένες συσκέψεις (το Φεβρουάριο και το Μάρτιο του 1964), με συμμετοχή και από τις δύο κυβερνήσεις κατέληξαν στο συμπέρασμα, ότι οι δυνάμεις που υπήρχαν στο Νησί, εκτός του ότι μειονεκτούσαν σοβαρά, από την άποψη της στρατιωτικής οργάνωσης, είχαν ελλιπή εκπαίδευση και ήταν εντελώς ανεπαρκείς για τις περιστάσεις. ‘Έπρεπε λοιπόν να οργανωθούν σε άλλη βάση, να ενισχυθούν και να στελεχωθούν με ικανούς αξιωματικούς, ώστε να συγκροτήσουν ένα στρατό που να μπορεί αυτοδύναμα να αντιμετωπίσει επιτυχώς την εσωτερική ανταρσία και ενδεχόμενη Τουρκική εισβολή.
Οι σκέψεις αυτές αποτέλεσαν αργότερα αντικείμενο διαβουλεύσεων με τον Πρωθυπουργό Γ . Παπανδρέου, τον Αρχιεπίσκοπο Μακάριο, τoν Υπουργό Εξωτερικών Σπύρου Κυπριανού και τον Υπουργό Εσωτερικών Πολύκαρπο Γεωρκάτζη και, με τη σύμφωνη γνώμη όλων, αποφασίστηκε τελικά, να ιδρυθεί στο Υπουργείο Εθνtκής Άμυνας, κάτω από τη διοίκηση του Στρατηγού Γρίβα, το «Ειδικό Μικτό Επιτελείο Κύπρου» (ΕΜΕΚ), και να διορισθεί ‘Έλληνας απόστρατος στρατηγός Διοικητής της Εθνικής Φρουράς, η οποία να αναδιοργανωθεί, σε αυστηρά στρατιωτική βάση και να ενισχυθεί με τα απαραίτητα εφόδια και τον αναγκαίο οπλισμό.